В. И. Маркин
Практическое руководство по использованию
ChemWindow (версия 6.0)
ИЗДАТЕЛЬСТВО
АЛТАЙСКОГО
ГОСУДАРСТВЕННОГО УНИВЕРСИТЕТА
БАРНАУЛ • 2005
УДК (084):681.142
Р е це н зе н ты: А.В. Максимов, кандидат физ.-мат. наук, доцент И.Б. Катраков, кандидат хим. наук, доцент М.К. Котванова, кандидат хим. наук, доцент
Маркин В.И. Практическое руководство по использованию ChemWindow (версия 6.0): Учебное пособие. – Барнаул: Изд-во Алт. ун-та, 2005. – 170 с. ISBN 5-7904-0415-2 Книга посвящена популярному среди химиков программному продукту ChemWindow и содержит полное описание команд меню, инструментария, некоторые подходы к работе и особенности использования в повседневной работе. Все функции по возможности иллюстрированы наглядными примерами. Учебное пособие предназначено для студентов химических факультетов университетов, изучающих курс «Новые информационные технологии в химии». Книга будет полезна химикам, биологам, пользователям персональных компьютеров работающих с компьютерной химической графикой.
Рассмотрено и рекомендовано к изданию методической комиссией химического факультета АлтГУ. Протокол №4 от 24 февраля 2005 г.
ISNB 5-7904-0415-2
В.И. Маркин, 2005 Алтайский государственный университет, 2005
СОДЕРЖАНИЕ
ВВЕДЕНИЕ................................................................................................ 7 ОСНОВЫ ИНТЕРФЕЙСА...................................................................... 9 ОСНОВНЫЕ СПОСОБЫ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ ИНСТРУМЕНТАРИЯ И ПРИНЯТЫЕ СОКРАЩЕНИЯ ............................................................................................ 9
Использование мыши .................................................................... 9 Курсор .......................................................................................... 10 Объекты ...................................................................................... 10 ИСПОЛЬЗОВАНИЕ МЕНЮ ......................................................................... 12 Строка меню ............................................................................... 12 Команды меню............................................................................. 13 Использование панелей инструментов ..................................... 14 Использование диалогов ............................................................. 14 Перемещение по диалогу с помощью мыши ............................. 15 Перемещение по диалогу с помощью клавиатуры ................... 15 Элементы управления диалога................................................... 17 Изменение положения диалогов на экране ............................... 19 РАБОТА С ОКНАМИ ................................................................................. 20 Открытие окна........................................................................... 20 Закрытие окна............................................................................. 21 Циклический просмотр............................................................... 21 Развертывание окна ................................................................... 21 Свертывание окна....................................................................... 22 Перемещение окна....................................................................... 22 Восстановление размера ............................................................ 22 Прокрутка окна........................................................................... 23 Изменение размеров.................................................................... 23 Окно предупреждения ................................................................ 23 ОКНО CHEMWINDOW ............................................................................. 25 МЕНЮ FILE ............................................................................................. 26 New Document .............................................................................. 26 New Library .................................................................................. 27
Open.............................................................................................. 28 Close ............................................................................................. 30 Save ............................................................................................... 31 Save As .......................................................................................... 31 Page Setup .................................................................................... 32 Print .............................................................................................. 33 Print Preview ................................................................................ 34 Document Size............................................................................... 35 Preferences ................................................................................... 36 Последний открытый файл ....................................................... 38 Exit ................................................................................................ 38 МЕНЮ EDIT............................................................................................. 39 Undo.............................................................................................. 39 Redo .............................................................................................. 40 Cut................................................................................................. 40 Copy .............................................................................................. 41 Paste.............................................................................................. 41 Clear ............................................................................................. 41 Find in Library.............................................................................. 41 Find Next in Library ..................................................................... 42 Select All ....................................................................................... 43 Join................................................................................................ 43 Override Style ............................................................................... 43 Insert New Object … ..................................................................... 49 Links … ......................................................................................... 51 Объект ......................................................................................... 51 МЕНЮ VIEW ........................................................................................... 52 Standard Tools .............................................................................. 53 Custom Palette .............................................................................. 55 Commands..................................................................................... 55 Bond Tools .................................................................................... 57 Graphic Tools ............................................................................... 58 Orbital Tools ................................................................................. 59 Other Tools ................................................................................... 60 Reaction Tools............................................................................... 61 Symbol Tools ................................................................................. 62 Template Tools.............................................................................. 62 Style Bar........................................................................................ 63 Graphics Style Bar ........................................................................ 64 4
Zoom Bar ...................................................................................... 65 Rulers ............................................................................................ 66 Status Bar...................................................................................... 66 МЕНЮ ARRANGE .................................................................................... 67 Bring to Front ............................................................................... 68 Send to Back.................................................................................. 68 Group ............................................................................................ 69 Ungroup ........................................................................................ 69 Rotate …........................................................................................ 70 Scale … ......................................................................................... 70 Size …............................................................................................ 72 Free Rotate.................................................................................... 73 Flip Horizontal.............................................................................. 73 Flip Vertical .................................................................................. 74 Space Objects … ........................................................................... 74 Align Оbjects … ............................................................................ 76 Center On Page............................................................................. 76 Crosshair....................................................................................... 77 МЕНЮ ANALYTICAL ............................................................................... 78 Calculate Mass … ......................................................................... 78 Formula Calculator ….................................................................. 79 Periodic Table … .......................................................................... 80 МЕНЮ OTHER ......................................................................................... 83 Сheck Chemistry ........................................................................... 83 Make Stick Structure ..................................................................... 85 Make Labeled Structure ................................................................ 86 Add User Chemistry ….................................................................. 87 Edit User Chemistry … ................................................................. 89 Edit Hot Keys …............................................................................ 90 Clean Up ....................................................................................... 94 Check Spelling… ........................................................................... 94 Edit User Dictionary … ................................................................ 95 ChromKeeper ................................................................................ 95 IRKeeper ....................................................................................... 95 SymApps........................................................................................ 95 МЕНЮ WINDOW...................................................................................... 96 New Window ................................................................................. 96 Cascade......................................................................................... 96 Tile ................................................................................................ 98 5
Arrange Icons................................................................................ 98 1 «Имя файла»............................................................................. 99 МЕНЮ HELP .......................................................................................... 100 Help Topics …............................................................................. 100 Bio-Rad Laboratories on the Web............................................... 100 About ChemWindow … ............................................................... 101 ОСНОВНЫЕ ПРИЕМЫ РАБОТЫ В ПРОГРАММЕ CHEMWINDOW ................................................................................... 103 ОСНОВЫ СОЗДАНИЯ И РЕДАКТИРОВАНИЯ ХИМИЧЕСКИХ СТРУКТУР .... 103 ВЫДЕЛЕНИЕ ОБЪЕКТОВ ........................................................................ 105 Инструмент «Selection» (выделение)...................................... 105 Инструмент «Lasso» (лассо) ................................................... 106 СВЯЗИ МЕЖДУ АТОМАМИ ..................................................................... 110 СТРЕЛКИ НАПРАВЛЕНИЯ ХИМИЧЕСКИХ РЕАКЦИЙ ............................... 117 ОКРУЖНОСТИ, ЭЛЛИПСЫ, ДУГИ, КРУГОВЫЕ СТРЕЛКИ, ПРОИЗВОЛЬНЫЕ ЛИНИИ ................................................................................................... 120 ЦИКЛЫ .................................................................................................. 124 ТЕКСТОВЫЕ ВОЗМОЖНОСТИ ................................................................. 127 Инструмент Label .................................................................... 127 Инструмент Caption ................................................................ 135 ИНСТРУМЕНТ ERASER .......................................................................... 137 ДРУГИЕ ГРАФИЧЕСКИЕ ВОЗМОЖНОСТИ ................................................ 139 Создание таблиц ....................................................................... 139 Меню Table................................................................................. 140 Проекционные формулы Ньюмана .......................................... 145 Инструмент Bracket................................................................. 145 Символы ..................................................................................... 146 ИСПОЛЬЗОВАНИЕ ШАБЛОНОВ .............................................................. 148 Template Tools............................................................................ 148 Инструмент Hierarchical Template......................................... 150 Использование библиотек ........................................................ 156 ИСПОЛЬЗОВАНИЕ СТИЛЕЙ .................................................................... 159 ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ CHEMWINDOW С ДРУГИМИ ПРОГРАММАМИ .......... 160 Перенос информации из ChemWindow в Microsoft Word и обратно ........................................................................................... 161 Перенос информации из ChemWindow в другие приложения 165 ДРУГИЕ ПРОГРАММЫ ХИМИЧЕСКОЙ ГРАФИКИ ..................................... 166
6
ВВЕДЕНИЕ
Кто не понимает ничего, кроме химии, тот и ее понимает недостаточно. Георг Лихтенберг
Создание и совершенствование компьютерной техники, появление новых технологий передачи, обработки, накопления и представления информации облегчило и ускорило вычислительную работу во многих областях науки и, в частности, химии. Квантовая химия, молекулярная механика, планирование химического синтеза, получение и обработка экспериментальных данных с помощью новых информационных технологий и компьютерной техники – это лишь некоторые типичные примеры. Увеличение вклада информационных технологий в развитие химии связано в первую очередь с появлением персональных компьютеров с высокими эксплуатационными характеристиками и новых технологий передачи информации. Благодаря их относительно низкой цене и доступности для широкого круга пользователей такое оборудование стало обычным в большинстве химических лабораторий и учебных заведениях мира. Одной из сфер использования компьютеров среди химиков является подготовка текстов, содержащих химические структуры. Популярные текстовые редакторы, такие как Microsoft Word, WordPerfect или WordPro и др., несмотря на свои широкие возможности, не имеют удобных инструментов для создания химических структур высокого качества. Для решения задач создания химических структур, схем реакций в полиграфических целях, использования их при создании баз данных, поиска в информационных системах, программах квантовой химии и других областях создано достаточно много различных программных средств. Одним из них – ChemWindow.
Программа ChemWindow (версия 6.0) создана для воспроизведения химических структур. Владельцем прав на эту программу является известная фирма Bio-Rad Laboratories, которая приобрела их в свое время у фирмы SoftShell, являвшейся разработчиком первых версий программы. Настоящая книга – это попытка дать исчерпывающее описание команд меню и доступного инструментария ChemWindow. Пособие состоит из двух частей. В первой приведено подробное описание основных особенностей использования программы, команд меню, инструментов; во второй – основные подходы к использованию и методы работы с ChemWindow. Несмотря на то, что 6 версия программы ChemWindow, не последняя выпущенная версия, тем не менее, именно эта версия является самой популярной и распространенной среди пользователей-химиков. И действительно, низкие требования к системным параметрам компьютера, устойчивая работа под всеми версиями операционной системы Windows, и, самое главное, – необходимый и достаточный набор инструментов и функций, который устраивает большинство химиков. Пособие предназначено для студентов химических специальностей университетов, а также будет полезно преподавателям, научным сотрудникам, аспирантам и всем использующим химическую компьютерную графику в своей работе. Автор выражает благодарность И.Б. Катракову, А.В. Максимову, М.К. Котвановой, за внимательное прочтение, ценные замечания и советы по совершенствованию данной книги. Надеемся, что данная книга найдет своего читателя и будет полезна. Все замечания, направленные на улучшение данного учебного пособия, будут приняты с благодарностью по e-mail:
[email protected].
8
ОСНОВЫ ИНТЕРФЕЙСА
Основные способы использования инструментария и принятые сокращения Прежде чем приступить к подробному рассмотрению команд и возможностей программы ChemWindow, необходимо договориться об используемой терминологии и принятых сокращениях. Кроме того, в силу того, что программа ChemWindow предназначена для специалистов в области химии, она соединяет в себе две области знания: компьютерную графику и химию. Интерфейс ChemWindow состоит из меню, окон, диалогов и других средств общения с ChemWindow. ChemWindow предполагает наличие мыши, но многие действия можно выполнить и с помощью клавиатуры. При использовании клавиатуры для выбора объектов и элементов управления, принадлежащих интерфейсу, используются клавиши со стрелками и комбинации клавиш. Приведем некоторые термины, которые в дальнейшем будут нами использованы.
Использование мыши При работе с программой ChemWindow, необходимо обязательное наличие манипулятора мышь, так как некоторые операции практически невозможно осуществить без ее использования. Двигая мышь по горизонтальной поверхности, Вы перемещаете ее указатель (курсор) по экрану компьютера. Форма курсора зависит от выполняемой в настоящее время операции. (О возможных типах курсоров см. ниже). Для активации и выполнения различных операций используются две кнопки (или в некоторых модификациях манипулятора мышь может быть больше). Необходимо выделить две основных операции с манипулятором мышь: нажатие мыши (щелчок, click) – краткое нажатие на 9
кнопку мыши, и двойное нажатие мыши (двойной щелчок, double click) – два быстрых нажатия на левую кнопку мыши (если мышь настроена для левшей, то вместо левой обычно используют правую кнопку мыши).
Курсор Курсор в программе ChemWindow бывает двух типов: текстовый или графический. Текстовый курсор возникает при работе с текстом и имеет вид мигающей вертикальной черты в месте ввода текста. Графический курсор может быть нескольких видов: для работы с текстом ( ); для инструмента «Lasso» (Лассо) – ( ); при изменении размеров окна курсор приобретает форму двунаправленной стрелки (⇔ ⇔); для инструмента «Eraser» (Ластик) курсор имеет форму квадратика – ; для других графических инструментов форма курсора приобретает вид – . При выполнении продолжительных операций курсор имеет форму песочных часов ().
Объекты Программа ChemWindow – это программа объектной графики, т.е. при своей работе она оперирует с таким понятием, как объект. Под объектом здесь понимается любой графический (или текстовый) элемент, который имеет собственные границы. Границы выделенного ин) графического объекта маркируются черструментом Selection ( ными квадратиками (), как показано ниже:
Здесь в качестве примера показаны бензольное кольцо, связь, стрелки, подпись. Это – элементарные графические объекты, с помо10
щью которых можно строить более сложные графические объекты. Некоторые графические объекты, используемые в программе ChemWindow – это фактически сложные объекты, построенные из более простых. Например, бензольное кольцо – это объект, построенный из связей, но программа ChemWindow может рассматривать его как элементарный объект. Большинство объектов имеет так называемые узловые точки. Узловую точку можно увидеть при наведении на нее курсора мыши. Она обычно обозначается маркером (). Узловая точка используется для маркировки, перемещения, модификации или привязывания данного элемента к другим объектам. Расположение узловых точек и возможности их использования будут рассмотрены в соответствующих разделах при описании работы с инструментами.
11
Использование меню Система меню ChemWindow состоит из следующих компонентов: строка меню, элементы строки меню, окна меню и команды меню (рис. 1).
Рис. 1. Система меню
Строка меню Строка меню расположена в верхней части экрана. В строке меню находятся названия самих меню или элементы строки меню. Элементы строки меню содержат названия меню. Чтобы выбрать меню, соответствующее каждому из элементов, можно воспользоваться мышью. Для этого необходимо навести указатель мыши на соответствующий элемент меню и нажать левую кнопку мыши. При этом появится окно меню. Аналогично выбираются команды меню. В некоторых случаях отдельные элементы строки меню изображаются блеклым шрифтом и не могут быть выбраны. Такие элементы строки меню называются недоступными.
12
Чтобы активизировать строку меню с помощью клавиатуры, нажмите клавишу ALT. При этом одна из букв в каждом слове в строке меню будет подчеркнута. Это так называемая «горячая» клавиша. Если нажать клавишу ALT и, не отпуская ее, «горячую» клавишу, то будет выбран соответствующий элемент меню.
Рис. 2. Строка меню с нажатой клавишей ALT Например, если нажать комбинацию клавиш ALT+E, то в результате будет активизирован элемент меню Edit, как показано на рисунке 1. С помощью клавиш CТРЕЛКА ВЛЕВО (←) и СТРЕЛКА ВПРАВО (→) можно переходить от одного элемента строки меню к другому. Для дезактивизации меню нажмите клавишу ESC. После выбора элемента строки меню на экране появляется окно меню. Меню представляет собой список взаимосвязанных команд. Выбирая команду из меню, вы сообщаете ChemWindow о том, какое действие необходимо выполнить. Выбрать команду означает активизировать выполнение выделенной (подсвеченной) команды, щелкнув на ней мышью или нажав клавишу Enter.
Команды меню Каждое меню содержит набор команд. Команды меню логически связаны с соответствующим элементом строки меню. В некоторых меню команды сгруппированы. Это означает, что они предназначены для выполнения сходных действий. Такие группы команд разделяются горизонтальными линиями. При выборе команды меню выполняется некоторое действие: открывается или закрывается окно, устанавливается переключатель, выводится на экран диалог и т.д. Некоторые команды меню оканчиваются многоточием (...). Многоточие означает, что для выполнения команды необходима дополнительная информация. Если выбрать такую команду для получения дополнительной информации, на экране появится соответствующий диалог. 13
Для некоторых команд меню предусмотрены клавиши сокращения: эти комбинации клавиш показаны в окне меню справа от команды. Одновременное нажатие такой комбинации клавиш позволяет выбрать команду меню, не отображая окно меню на экране. В некоторых случаях команды меню отображены бледным шрифтом и не могут быть выбраны. Такие команды являются недоступными.
Использование панелей инструментов Кроме команд меню могут быть использованы кнопки на так называемой панели инструментов (рис. 3). Панель с кнопками и параметрами используется для выполнения команд. Некоторые команды могут быть продублированы в меню и на панелях инструментов, поэтому они могут быть использованы удобным для пользователя способом. Другие команды есть только на панелях инструментов. Для того чтобы активизировать использование того или иного инструмента или выполнение той и или иной команды, необходимо просто нажать на соответствующую кнопку на панели инструментов. Далее все используемые в программе ChemWindow инструменты будут рассмотрены более подробно.
Рис. 3. Панели инструментов в программе ChemWindow
Использование диалогов Когда выбирается команда меню, оканчивающаяся многоточием (…), на экране появляется окно, называемое диалогом. Диалоги могут 14
возникать и в других случаях в процессе работы с ChemWindow, когда для завершения команды или операции требуется дополнительная информация. Диалоги содержат различные элементы управления, которые определяют, подтверждают или отменяют какие-либо действия. Если на экране появился диалог, то, чтобы выполнить другие действия, доступные в ChemWindow, необходимо выйти из диалога. Чтобы выйти из диалога, нажмите кнопку Cancel (Отмена) или клавишу ESC (для отмены диалога). Если вы дважды щелкните кнопку управляющего меню, это будет равнозначно нажатию клавиши ESC. Все изменения, внесенные в процессе диалога, игнорируются. В ChemWindow не требуется подтверждения отмены диалога. Если диалог находится на экране и вы пытаетесь выполнить любое другое действие за пределами диалога (кроме выбора активного элемента строки меню), раздастся предупреждающий звуковой сигнал. Например, на рисунке 4 представлен диалог Override Style (Reports), на котором показаны все основные элементы управления диалога.
Перемещение по диалогу с помощью мыши По диалогам можно перемещаться с помощью мыши. Чтобы нажать кнопку, выбрать какой-либо элемент управления или попасть в поле редактирования текста, необходимо установить указатель мыши в нужное поле и щелкнуть мышью.
Перемещение по диалогу с помощью клавиатуры Перемещаться между элементами управления диалога можно с помощью клавиши TAB. Существуют и другие методы перемещения по диалогу. Для некоторых элементов управления диалога предусмотрены «горячие» клавиши. Горячая клавиша — это подчеркнутая буква; нажав ее, вы сразу перемещаетесь на соответствующий элемент управления. Если текущий элемент управления диалога представляет собой редактируемое поле или список, нажмите одновременно клавишу ALT и «горячую» клавишу.
15
Рис. 4. Диалог Override Style (Reports) Управлять диалогом можно с помощью следующих клавиш. • ESC — Выход из диалога и отмена всех сделанных изменений. • ENTER – Нажатие кнопки, используемой по умолчанию, независимо от того, в каком месте диалога находится прямоугольник фокуса. Такая кнопка имеет на экране более темное обрамление по сравнению с остальными кнопками диалога. • TAB — Выбор следующего элемента управления диалога. • SHIFT+TAB — Выбор предыдущего элемента управления диалога. • ↑ / ↓ — Перемещение вверх или вниз по списку или группе элементов от одного элемента к другому. • НОМЕ и END — Перемещение к первому и последнему элементам списка соответственно. • PGUP и PGDN — Отображение предыдущего или следующего окна списка.
16
Элементы управления диалога Каждый диалог имеет свой собственный набор элементов управления. Пунктирный прямоугольник вокруг элемента управления, называемый прямоугольником фокуса, обозначает текущий элемент управления диалога. Чтобы выбрать элемент управления, можно использовать мышь или клавиатуру. Для перемещения от одного элемента управления к другому используйте клавишу TAB (движение от одного элемента к другому вперед) или SHIFT–TAB (движение от одного элемента в обратном направлении). В этом разделе рассказывается о всех типах элементов управления диалога. Кнопка. Кнопка изображается в виде серого поля, на котором изображен поясняющий текст или рисунок, обозначающий действия, происходящие при нажатии кнопки. Если текст на кнопке не завершается многоточием (…), действия, описываемые этим текстом, выполняются сразу же после нажатия кнопки. Многоточие означает, что после нажатия кнопки появится еще один диалог. Кнопки, содержащие рисунки, называют кнопками с рисунками. В каждом диалоге одна из кнопок имеет более темное обрамление по сравнению с остальными. Действие, соответствующее этой кнопке, выполняется по умолчанию. Чтобы нажать эту кнопку, щелкните ее мышью или нажмите клавишу ENTER в любой момент в процессе диалога. Независимый переключатель представляет собой небольшой прямоугольник, за которым следует текст. Чтобы установить или сбросить независимый переключатель, щелкните мышью в прямоугольнике переключателя. Если в прямоугольнике находится знак ;, это означает, что переключатель установлен. Некоторые независимые переключатели вместо текста содержат рисунок для подсказки. Независимые переключатели с рисунками во многом похожи на кнопки. Но когда переключатель установлен, они остаются нажатыми. В одной и той же группе одновременно может быть установлено несколько независимых переключателей. Зависимый переключатель представляет собой небольшой кружок, за которым следует текст. В отличие от независимых переключателей, в каждый момент времени может быть установлен только один переключатель из группы. Чтобы выбрать переключатель, щелкните на 17
нем мышью. При установке переключателя соответствующий кружок закрашивается, а переключатель, установленный ранее, сбрасывается. В некоторых переключателях вместо текста используются рисунки для подсказки. Переключатели с рисунками во многом похожи на кнопки. Поле ввода значения появляется в диалоге в тех случаях, когда требуется задание некоторого числового значения. Для изменения числового значения наэимайте кнопки со стрелками вверх или вниз либо щелкните текстовое поле и введите число. Поле ввода со списком представляет собой прямоугольник и кнопку со стрелкой вниз. При его выборе на экране появляется связанный с ним список. Чтобы отобразить список на экране с помощью мыши, щелкните в поле ввода со списком. Когда список появится на экране, щелкните нужный элемент. Чтобы вызвать список поля ввода на экран с помощью клавиатуры, переместитесь с помощью клавиши TAB в поле ввода и нажмите комбинацию клавиш ALT+ ↑ , либо ALT+ ↓ . Чтобы просматривать список постранично (по полному размеру окна списка), используйте клавиши PGDN и PGUP. С помощью клавиш НОМЕ и END можно перейти на первый и последний элемент списка, соответственно. Чтобы выбрать определенный элемент, выделите его с помощью клавиш ↑ и ↓ , а затем нажмите клавишу ENTER. Список содержит набор элементов типа каталогов, файлов и полей, из которого можно выбрать нужный. Чтобы просмотреть список, щелкните кнопку со стрелкой в любом конце полосы прокрутки справа от списка. Чтобы выделить определенный элемент, щелкните по нему мышью. Чтобы выбрать несколько элементов списка, щелкните по ним при нажатой клавише CTRL, либо последовательно нажимайте клавиши CTRL+ПРОБЕЛ. Если элементы, которые вы хотите выбрать, расположены рядом, нажмите клавишу SHIFT и, перемещая указатель при нажатой кнопке мыши, выделите соседние элементы либо нажимайте клавиши SHIFT+ ↑ / ↓ . С использованием клавиатуры можно перемещаться по списку можно одним из следующих способов: • с помощью клавиш ↑ и ↓ от одного элемента списка к другому; 18
• с помощью клавиш PGDN и PGUP по страницам; • чтобы перейти к первому или последнему элементу в списке, нажмите клавиши НОМЕ и END соответственно. Элементы некоторых списков расположены в алфавитном порядке. Чтобы сразу переместиться к некоторому элементу алфавитного списка, наберите первые буквы названия элемента, достаточные для его однозначной идентификации. Буквы, которые вы набираете, на экране не появляются. При этом выделяется первый из элементов, начинающихся с этих букв. Через некоторое время система готова принять следующую группу букв и найти другой элемент в списке. Текстовое поле представляет собой область для ввода и исправления текста. Чтобы ввести текст в текстовое поле, щелкните в нем мышью и далее набирайте и исправляйте текст обычным способом.
Изменение положения диалогов на экране Диалоги можно перемещать по экрану. Чтобы переместить диалог с помощью мыши, подведите указатель мыши к строке заголовка, нажмите кнопку мыши и, не отпуская ее, переместите диалог на новое место. Затем отпустите кнопку мыши.
19
Работа с окнами В ChemWindow можно работать с окнами несколькими способами. Большинство окон можно не только открывать и закрывать, но и скрывать, перемещать, изменять размер, разворачивать, сворачивать, прокручивать. В отличие от диалогов, одновременно могут быть открыты несколько окон. Вы можете свободно перемещаться от одного окна к другому. Например, на рисунке 5 приведен пример окна Document1.
Открытие окна Окна можно открывать различными способами. При запуске ChemWindow автоматически открывается окно Document1. Если окно Document1 было закрыто, его можно открыть снова, выбрав команду New Document из меню File. Если вы открываете окно, оно появляется на экране – на переднем плане. Это окно можно легко отличить от остальных – его элементы управления и заголовок выделяются цветом и яркостью. Названия всех открытых окон можно посмотреть в меню Window.
Рис. 5. Окно Document1
20
Закрытие окна Чтобы закрыть открытое окно, выберите команду Close из меню File или дважды щелкните кнопку управляющего меню (рис. 6). Эта кнопка располагается в верхнем левом углу любого системного окна. , расположенную в Закрыть окно также можно нажав на кнопку правом верхнем углу окна (рис. 5). В случае, если требуется сохранить содержимое текущего окна, появится окно предупреждения, в котором пользователю будет задан вопрос о сохранении данных (рис. 7).
Рис. 6. Управляющее меню
Рис. 7. Окно предупреждения
Циклический просмотр Циклический просмотр состоит в последовательном выведении на передний план всех открытых окон в поисках нужного окна. Чтобы требуемое окно появилось на переднем плане, нужно нажимать клавиши CTRL+F6 столько раз, сколько это необходимо. Чтобы окно появилось на переднем плане, можно также щелкнуть в нем мышью. Для этого может понадобиться переместить перекрывающие друг друга окна или изменить их размер.
Развертывание окна Кнопка Развернуть , расположенная в верхнем правом углу окна, служит для увеличения окна до максимального размера. Чтобы увеличить текущее окно до полного окна ChemWindow, нажмите кноп. ку Развернуть 21
Окно можно развернуть, выбрав команду Развернуть из его управляющего меню (рис. 6). Подробнее о том, как восстановить первоначальные размеры окна, см. в разделе «Восстановление размера».
Свертывание окна При свертывании окно превращается в значок в левом нижнем углу основного окна ChemWindow. Чтобы свернуть окно, выберите кнопку Свернуть . Окно можно свернуть, выбрав команду Свернуть из управляющего меню (рис. 6). Свернутое окно изображается значком в нижней части окна ChemWindow. Чтобы отобразить управляющее меню свернутого окна, щелкните его значок. Подробнее о том, как восстановить прежние размеры окна. см. в разделе «Восстановление размера».
Перемещение окна Чтобы переместить окно на другое место, укажите мышью на строку заголовка окна и перемещайте его при нажатой кнопке мыши. Когда окно окажется в нужном положении, отпустите кнопку мыши. Чтобы переместить окно, можно воспользоваться командой Переместить из управляющего меню. Указатель мыши примет вид четырехсторонней стрелки. Переместите окно на новое место с помощью клавиш со стрелками. При этом будет перемещаться только рамка окна. Когда вы нажмете клавишу ENTER, окно переместится на место рамки.
Восстановление размера Если окно развернуто до максимального размера, в его правом верхнем углу появляется кнопка Восстановить . Чтобы восстановить первоначальные размеры окна, нажмите эту кнопку. Восстановить первоначальный размер окна можно и с помощью команды Восстановить из управляющего меню (рис. 6).
22
Прокрутка окна Полосы прокрутки появляются вдоль правой и нижней границ окна в тех случаях, когда окно содержит больше информации, чем может быть отображено. Чтобы переместиться по тексту окна на одну строку, щелкните одну из стрелок полосы прокрутки. Чтобы переместиться на полный экран, щелкните над или под бегунком на вертикальной полосе либо слева или справа от бегунка на горизонтальной полосе прокрутки. Чтобы прокручивать текст непрерывно, нажмите на одну из стрелок полосы прокрутки и держите кнопку мыши нажатой до тех пор. пока не появится необходимая информация. Чтобы быстро переместиться по тексту окна, двигайте бегунок с помощью мыши. Позиция бегунка в вертикальной полосе прокрутки указывает местоположение в файле. Если бегунок находится в центре вертикальной полосы прокрутки, то данные в окне находятся в середине файла. По окну можно также перемещаться с помощью клавиатуры, используя клавиши PGUP и PGDN.
Изменение размеров Чтобы изменить размер окна, нажмите кнопку управления размером окна в нижнем правом углу окна и переместите мышь при нажатой кнопке мыши в требуемом направлении. Размер окна можно также изменить, указав мышью на границу окна или его угол. Указатель мыши примет вид двунаправленной стрелки. Нажмите кнопку мыши и, удерживая ее, перемещайте стрелку до тех пор, пока окно не примет нужные размеры, затем отпустите кнопку. Чтобы изменить размеры окна с помощью клавиатуры, выберите команду Размер из управляющего меню (рис. 6) и измените размер окна клавишами со стрелками. Когда окно достигнет нужного размера, нажмите клавишу ENTER.
Окно предупреждения Окно предупреждения содержит предупреждающее сообщение или сообщение об ошибке. Это окно появляется каждый раз, когда Вы пытаетесь совершить запрещенное действие или собираетесь выполнить операцию, которая может необратимо изменить информацию. 23
Пример окна предупреждения приведен ниже на рисунке 8. Чтобы закрыть окно, необходимо выбрать то действие, которое предлагается в открытом окне. Например, нажав кнопку ОК, как показано на рисунке 8, или выбрав соответствующее действие, нажав на нужную кнопку, как показано на рисунке 7.
Рис. 8. Пример окна предупреждения
24
Окно ChemWindow Окно ChemWindow состоит из строки меню, панелей инструментов (количество и состав этих панелей можно настраивать), произвольного числа окон, среди которых одно является активным (рис. 9).
Рис. 9. Окно ChemWindow 6.0 Порядок настройки панелей инструментов, обзор доступного инструментария и правила работы с элементами меню будет рассмотрен далее.
25
Меню File Меню File (Файл) содержит команды, позволяющие работать с файлами на дисках: создавать их, открывать, сохранять и т.п. (рис. 10). С помощью этого меню также можно вводить информацию о принтере, печатать файлы и выходить из ChemWindow. Вход в меню осуществляется путем наведения указателя мыши на слово File, в строке меню или нажатием комбинации клавиш ALT+F на клавиатуре.
Рис. 10. Меню «File»
New Document Комбинация клавиш СTRL+N Действие. Создать новый файл (документ). Описание. Команда New Document (Новый документ) дает возможность создать и открыть новый файл. Когда Вы выбираете эту команду, появляется диалог New. 26
Рис. 11. Диалог «New» В открывшемся окне (рис. 11) пользователю предлагается выбрать Style (стиль), которым будет оформлен новый документ. Подробнее о стилях см. раздел «Использование стилей» (см. с. 159).
New Library Действие. Создать новую библиотеку. Описание. Команда New Library (Новая библиотека) создает новую библиотеку. При выполнении этой команды будет открыт пустой документ – это новая библиотека. Чтобы поместить в нее новую структуру, необходимо ее предварительно создать в отдельном документе. Затем, используя команды редактирования документа (см. раздел Edit, с. 39), переместите созданную структуру в новую библиотеку. Появится диалоговое окно (рис. 12), в которое Вам будет предложено ввести название для каждой новой структуры, которую Вы добавляете в библиотеку. К сожалению, в существующих версиях ChemWindow можно использовать только названия, составленные с помощью латинского алфавита. (Русский язык не поддерживается!). Нажав клавишу OK, Вы вводите новую структуру в библиотеку (рис. 13) или, щелкнув клавишу Cancel, можете отменить это действие.
Рис. 12. Диалоговое окно «Library Thumbnail Title»
27
Рис. 13. Окно библиотеки Двойной щелчок мышью на изображении вызовет появление диалога, в котором вводится название структуры. Вы можете изменить название или ввести новое. Используя команды редактирования документа, можно копировать, удалять, вставлять структуры в данную библиотеку и в другие открытые окна программы ChemWindow или в другие программы (например, текстовые редакторы). Библиотечные файлы сохраняются с расширением «.cwl».
Open Комбинация клавиш СTRL+O Действие. Открывает существующий файл (документ). Описание. Команда Open (Открыть) позволяет открывать уже существующие файлы. При выборе этой команды открывается диалог Open (рис. 14). Диалог Open приведен на русском языке, так как используются стандартные библиотеки установленной русифицированной версии операционной системы Windows XP. Такая ситуация может наблюдаться и в других аналогичных случаях.
28
Рис. 14. Диалог «Open» В этом диалоге отображаются все файлы каталога, относящиеся в соответствии с расширениями их имен, к определенному типу, указанному в поле «Тип файлов». Файлы заданного типа отображаются в алфавитном порядке. Если нужный Вам файл находится в другой Папке или Диске, то найти нужный файл можно, используя кнопки или список «Папка» «На один уровень вверх» . В поле «Тип файлов» Вы можете выбрать тип файла. Нажимая на кнопку , рядом со списком «Тип файлов» Вы получите список возможных типов файлов, которые могут быть открыты в ChemWindow (рис. 15).
Рис. 15. Список «Тип файлов» 29
Поддерживаемые форматы файлов: *.cwg *.cwt *.scf *.cw2 *.mol *.chm *.gif *.cwl *.edb
Документ программы ChemWindow Стили и шаблоны программы ChemWindow Standard Chemistry Format – файлы программы ChemIntosh Формат файлов более ранних версий программы ChemWindow Формат фирмы MDL Формат файлов программы ChemDraw фирмы CamSoft Графический формат файлов gif Формат файлов библиотеки программы ChemWindow Устаревший формат файлов для хранения химической информации
По умолчанию установлено «All readable», т.е. все поддерживаемые, перечисленные выше. Если Вы измените расширение, то Вам станут доступны только файлы выбранного формата, остальные будут невидимы. После того как Вы укажете конкретный файл (мышкой или с помощью клавиатуры, как описано ранее), который хотите открыть, и нажмете кнопку «Открыть», этот файл будет доступен для работы в программе ChemWindow. Открыть файл можно, быстро щелкнув по нему два раза мышкой.
Close Комбинация клавиш СTRL+W Действие. Закрывает файл (документ), находящийся на переднем плане. Описание. Команда Close (Закрыть) закрывает файл, находящийся на переднем плане. Вы также можете закрыть окно, дважды щелк, располонув кнопку управляющего меню или нажав на кнопку женную в правом верхнем углу окна.
30
Save Комбинация клавиш СTRL+S Действие. Сохраняет текущий файл. Описание. Команда Save (Сохранить) сохраняет все изменения, внесенные в текущий файл, при этом файл не закрывается. Если активны несколько окон редактирования, сохраняются изменения только того окна, которое находится на самом переднем плане. Если Вы выбрали команду Save в момент, когда файл еще ни разу не сохранялся и не имеет имени, появится диалог Save As.
Save As Действие. Сохраняет текущий файл с новым именем. Описание. Команда Save As (Сохранить как…) позволяет присвоить имя новому файлу и сохранить его или сохранить копию текущего файла под новым именем. Нажмите кнопку Save As – появится диалог Save As (рис. 16). При появлении этого окна курсор будет мигать в поле «Имя файла», приглашая пользователя ввести имя файла. По умолчанию Вам предлагается сохранить файл в папку ChemWin. Однако лучше всего сохранить в специальную папку, где хранятся Ваши документы.
Рис. 16. Диалог «Save As …»
31
Если Вы впервые сохраняете данный файл, он запишется на диск, а имя файла перейдет в заголовок окна. Если сохраняете копию существующего файла, появится новое окно редактирования, заголовком которого будет служить новое имя файла. Старый файл закрывается. Если последние изменения старого файла не были сохранены до создания нового файла, они не будут внесены в старый файл, но появятся в новом файле. По умолчанию файл сохраняется в «родном» формате программы ChemWindow – *.cwg. Однако Вы можете сохранить текущий файл в другом формате, нажав на кнопку , рядом со списком «Тип файлов». При этом получите список возможных типов файлов, в которые можно сохранить текущий документ (рис. 17). Как видно из рисунка 16, количество поддерживаемых форматов файлов при сохранении меньше, чем при открытии.
Рис. 17. Типы файлов в меню «Save As …»
Page Setup Действие. Устанавливает параметры страницы текущего файла. Описание. Команда Page Setup (Параметры страницы) устанавливает размер текущей страницы, ориентацию страницы, поля от края страницы (рис. 18). Также отсюда можно перейти в раздел установок принтера. После выбора необходимых параметров страницы Вы должны нажать кнопку «OK», чтобы эти настройки вступили в силу.
32
Print Комбинация клавиш СTRL+P Действие. Печатает содержимое текущего документа. Описание. Команда Print (Печать) отображает диалог «Печать» (рис. 19). В открывшемся диалоге Вы должны указать принтер, на котором необходимо осуществить печать, установить диапазон печати (по умолчанию весь активный документ), указать число копий. Нажав кнопку «OK», Вы напечатаете на выбранном принтере.
Рис. 18. Диалог «Параметры страницы»
33
Рис. 19. Диалог «Печать»
Print Preview Действие. Показывает макет текущего документа так, как он будет выглядеть на бумаге после печати. Описание. Команда Print Preview (Просмотр печати) отображает макет текущего документа так, как он будет выглядеть после печати на бумаге (рис. 20). Как видно из рисунка 20, можно изменить масштаб изображения, используя для этого кнопки «Увеличить» и «Уменьшить». Если страниц несколько, то можно перемещаться между страницами вперед и назад, нажимая кнопки «Следующая», «Предыдущая» или «Две страницы», чтобы увидеть, как выглядят сразу две страницы. Из режима Print Preview есть возможность сразу отправить документ на печать, нажав кнопку «Печать» (см. предыдущий раздел). Для того чтобы выйти из этого режима, нужно нажать кнопку «Закрыть».
34
Рис. 20. Диалог «Print Preview»
Document Size Действие. Устанавливает размер текущего документа. Описание. Команда Document Size (Размер документа) устанавливает размер текущего документа в страницах (рис. 21).
35
Рис. 21. Диалог «Document Size» По умолчанию установлен размер документа – 1 страница. Вызвав эту команду меню, Вы можете изменить размер документа (в страницах), указав его ширину (Document Widht) или высоту (Document Height). Установить размер страницы можно в разделе Page Setup (см. выше).
Preferences Действие. Устанавливает основные параметры программы. Описание. Команда Preferences (Установки) устанавливает некоторые параметры для программы ChemWindow (рис. 22): Folder For Template (Папка для шаблонов) – устанавливает папку, в которой находятся файлы шаблонов; Template File (Файл шаблона) – устанавливает файл шаблона, который будет использован ChemWindow при запуске. Структуры, которые содержатся в этом файле, будут отображены на специальной панели Template Tools (см. с. 62). Folder For Styles (Папка для стилей) – устанавливает папку, в которой находятся файлы стилей; Default Style File (Файл стиля по умолчанию) – устанавливает файл стиля, который будет использован ChemWindow при запуске по умолчанию. Вообще в программе ChemWindow существует несколько встроенных (поставляемых вместе с программой) стилей (Reports, Bold, Small, Presentations, JOC (Reduce 60%), JOC (Reduce 75%)), которые будут описаны далее (см. с. 159). Чтобы указать местоположение папки или файла, нужно нажать кнопку Browse. При этом появится диалог Обзор папок, в котором Вы должны выбрать соответствующую папку (рис. 23) или файл (рис. 24).
36
Рис. 22. Диалог «Preferences» Add Ons – указывает путь для программ, которые расширяют возможности ChemWindow (SymApps, IRKeeper, ChromKeeper и др.). Чтобы добавить программу, нужно нажать кнопку Add, при этом появится диалог, аналогичный, показанному на рисунке 24. Добавленная программа появится в меню Other (см. с. 83). Если нужно удалить программу из списка, то мышкой указать соответствующую программу в списке, нажать кнопку Delete, которая станет активной, и выбранная Вами программа будет удалена из списка. Units Preference – зависимый переключатель, который позволяет указать единицы измерения, используемые по умолчанию: сантиметры (cm.). или дюймы (inch.). Обратите внимание! В разделе «Параметры страницы» (с. 32, рис. 18) поля предлагается указывать в тех единицах, которые указываются в Units Preference. (на рисунке 22 в дюймах). Border Width For Embedded Graphic (Points) – указывает толщину рамки для встраиваемых рисунков (в точках).
37
Рис. 23. Диалог «Обзор Папок» Рис. 24. Диалог «Выбор файла»
Последний открытый файл Действие. В ChemWindow существует возможность открыть использованный ранее файл (рис. 25). ChemWindow запоминает четыре последних открытых файл. Поэтому при работе с одним и тем же файлом, то открыть удобнее его непосредственно прямо в меню File, а не используя диалог Open.
Рис. 25. Последний открытый файл
Exit Комбинация клавиш ALT+F4 Действие. Выход из ChemWindow. Описание. Команда Exit завершает сеанс ChemWindow и возвращает Вас в основной экран Windows.
38
Меню Edit Меню Edit (Редактировать) содержит команды, которые используются в процессе редактирования создаваемых структур, текста и встраиваемых объектов OLE (рис. 26). Вход в меню осуществляется путем наведения указателя мыши на слово Edit, в строке меню или нажатием комбинации клавиш ALT+E на клавиатуре.
Рис. 26. Меню «Edit»
Undo Комбинация клавиш СTRL+Z или ALT+BackSpace Действие. Отменяет последние выполненные действия. Описание. Команда Undo (Откат) отменяет последнее действие, выполненное при использовании команд построения химических 39
структур. Если повторить команду Undo несколько раз подряд, можно отменить все выполненные действия вплоть до начала текущего сеанса редактирования. Если Вы отменили действие командой Undo, а потом передумали, то восстановить прежний вид окна редактирования той же командой Undo нельзя. Чтобы отменить последнюю операцию, выберите в меню Edit команду Redo. Когда Undo отменит все действия, выполненные в ходе текущего сеанса, она становится недоступной. Если файл сохранить или закрыть, а потом вновь его открыть, команда Undo станет недоступна, пока не будут внесены новые изменения.
Redo Действие. Повторяет действие, отмененное перед этим с помощью команды Undo. Описание. Команда Redo противоположна по выполняемой функции команде Undo. Если было отменено действие с помощью команды Undo, а потом Ваши планы изменились, выберите команду Redo, чтобы восстановить прежнее состояние. Если с помощью команды Undo было отменено несколько действий подряд, то, выбрав команду Redo столько же раз, Вы повторите эти действия в порядке, противоположном порядку отмены.
Cut Комбинация клавиш СTRL+X или SHIFT+Del Действие. Удаляет выделенный фрагмент и помещает его в буфер обмена. Описание. Команда Cut (Вырезать) удаляет выделенный фрагмент из области редактирования и помещает в буфер обмена. С помощью программы Cut также можно удалить и поместить в буфер обмена объект OLE. Используйте команду Cut, если Вам нужно удалить какой-либо фрагмент из одного места и вставить его в другое место с помощью команды Paste.
40
Copy Комбинация клавиш СTRL+C или CTRL+Ins Действие. Копирует выделенный фрагмент и помещает его в буфер обмена. Описание. Команда Copy (Копировать) делает копию выделенного фрагмента (не удаляя его) и помещает ее в буфер обмена.
Paste Комбинация клавиш СTRL+V или SHIFT+Ins Действие. Помещает содержимое буфера обмена туда, где находится курсор. Описание. Команда Paste (Вставить) вставляет копию содержимого буфера обмена в текущий файл или в поле позиции курсора. При этом Вы не можете редактировать изображения, созданные другими программами.
Clear Комбинация клавиш Del Действие. Удаляет выделенный фрагмент. Описание. Команда Clear (Очистить) удаляет выделенный фрагмент, не помещая его в буфер обмена. Если данная команда выбрана при наличии выделения, она действует точно так же, как клавиши DELETE или BACKSPACE.
Find in Library Комбинация клавиш СTRL+H Действие. Осуществляет поиск в открытом файле библиотеки. Описание. С помощью команды Find in Library (Найти в библиотеке) Вы можете осуществить поиск в открытом файле библиотеки (рис. 27). Пока файл библиотеки не открыт, эта команда недоступна. Необходимо открыть файл библиотеки (стандартной поставляемой в пакете программ ChemWindow или созданной пользователем), а затем выбрать в меню Edit команду Find in Library. В поле Find records where the title (Найдите записи, где название) Вы можете указать contains (содержится), starts with (начинает с), ends with (заканчивается), а в следующем поле набрать название соединения или часть названия. 41
Рис. 27. Диалог «Find in Library» Если в независимом переключателе Ignore case установлен значок √, то при поиске не будет учитываться регистр набранного слова. Если необходимо начать поиск, Вы должны нажать кнопку Find First (найти первое). В этом случае в файле библиотеки черной рамкой будет обозначена та структура, которая отвечает критериям поиска. Если Вы хотите найти все названия, удовлетворяющие критериям поиска, то нажмите Find All (найти все). В случае отказа от поиска нажмите Cancel. Следует отметить одно очень важное ограничение программы ChemWindow – при реализации функции поиска русский язык не поддерживается!
Find Next in Library Комбинация клавиш СTRL+Q Действие. Повторяет предыдущую операцию поиска. Описание. После того как ChemWindow найдет символьную последовательность, заданную в диалоге Find in Library, можно, выбрав команду Find Next in Library (Найти в библиотеке следующее), найти следующее вхождение этой последовательности. 42
Когда ChemWindow найдет последнее вхождение, то звуковой сигнал сообщит об этом и больше перемещений на новую структуру не произойдет. Команда Find Next in Library будет доступна только после того, как Вы выполните команду Find in Library. Не забывайте, что клавишами сокращения для команды Find Next in Library являются СTRL+Q.
Select All Комбинация клавиш СTRL+A Действие. Выделить все. Описание. По команде Select All (Выделить все) происходит выделение содержимого окна редактирования.
Join Комбинация клавиш СTRL+J Действие. Присоединяет выбранные объекты через узловые точки. Описание. По команде Join (Присоединить) происходит перемещение выбранных структур в положение максимального прилегания ближайших к друг другу узловых точек. Данная команда корректно объединяет циклы, связи. Объединение возможно только для объектов, которые имеют узловые точки связывания, т.е. нанесенных инстру. ментами рисования циклов, связей, стрелок и Label (Этикетка) Имейте в виду, что объекты, созданные с помощью шаблонов орбиталей, кривые Безье, текст, набранный с помощью инструмента , не имеют узловых точек для связывания.
Override Style Действие. Позволяет изменять настройки текущего стиля. Описание. По команде Override Style (Определить стиль) Вы можете изменить установки текущего стиля. В последующем эти изменения Вы можете использовать только для текущего сеанса работы, сохранить их для дальнейшей работы или создать новый стиль. На рисунках 28 и 29 приведен вид вкладок при работе с командой Override Style.
43
а
б
в
г
Рис. 28. Диалог «Override Style» (Вкладки Bonds And Arrows, Label, Caption, Bracket)
44
В диалоге Override Style (Bold) представлены шесть вкладок, в которых представлены все основные характеристики стиля, доступные пользователю для изменения. Дадим краткую характеристику каждой вкладки. Вкладка Bonds And Arrows (Связи и стрелки) устанавливает основные параметры связей и стрелок (рис. 28а). ), pts. Bond Length – длина связи ( Bold Bond Width – толщина «жирной» связи ( ), pts. Double Bond Spacing – расстояние между связями в двойной связи ( ), %. ), pts. Hash Bond Spacing – шаг в штриховой связи ( ), pts. Dash Bond Spacing – шаг в пунктирной связи ( Arrowhead Length – длина острия стрелок ( ), pts. Arrowhead Width – ширина острия стрелок ( ), pts. Equilibrium Arrow Spacing – расстояние между стрелками в стрелках равновесия ( ), %. ), pts. Arrow Length – длина стрелки ( White Space – интервал, pts. Fixed Angle – фиксированный угол, на который осуществляется поворот объектов при их рисовании, °. Вкладка Label (Этикетка) устанавливает шрифтовое оформление текста формул, который набирается инструментом
(рис. 28б).
Вкладка Caption (Заголовок) устанавливает шрифтовое оформление текста заголовков, подписей к формулам и любому другому тексту, который не имеет химического значения, в отличие от текста, набранного Label. Этот текст набирается инструментом
(рис. 28в).
Вкладка Bracket (Скобки) устанавливает шрифтовое оформление текста в нижних и верхних индексах «скобок», которые набирается инструментом
(рис. 28г).
Вкладка Tag (Подпись) устанавливает шрифтовое оформление текста в метках атомов в химических структурах, которые набираются из панели инструмен-
инструментами тов Symbol Tools (рис. 29а). 45
а
б
в
г
Рис. 29. Диалог «Override Style» (Вкладки Tag, Table, Other, MS Tools)
46
Вкладка Table (Таблица) устанавливает шрифтовое оформление (рис. 29б). текста в таблицах, создаваемых инструментом Все вышеперечисленные вкладки имеют примерно одинаковый набор шрифтового оформления, который Вы можете изменить. Font позволяет Вам выбрать соответствующий шрифт. Обратите внимание, что для набора заголовков и подписей, которые набира, необходимо, чтобы был установлен ются инструментом шрифт, который имеет набор символов русского алфавита, если Вы хотите чтобы Ваш текст был на русском языке. Size – размер шрифта в пунктах (1 пункт = 1/72 дюйма ≈ 0,353 мм). Цифровое значение размера в пунктах называется кеглем. Subscript – размер шрифта в % от первоначально установленного в поле Size, для верхних и нижних индексов. Offset смещение верхнего и нижнего индексов относительно базовой линии в %. Bold – полужирный стиль начертания символов, например, полужирный. Italic – курсив, наклонный стиль начертания символов, например, курсив. Underline – подчеркнутый стиль начертания символов, например, подчеркнутый. Formula – стиль формулы. Автоматически переводит символы в верхний или нижний индексы. Знаки плюс (+) и дефис (-) поднимаются со следующими за ними цифрами в верхний индекс. Все остальные цифры опускаются в нижний индекс. По умолчанию данный стиль включен для набора атомов, т.е. при редактировании инструментом Label
.
Вкладка Other (Другое) устанавливает другие свойства стиля (рис. 29в). Object Color определяет цвет объекта. Нажимая на элемент поля ввода со списком, Вы получите возможность выбора цвета (рис. 30). С помощью элемента Other – появляется палитра цветов, где можно выбрать любой другой цвет, отличный от приведенных по умолчанию.
47
Рис. 30. Поле ввода со списком «Object Color» Line Color for Shapes – цвет линии форм, создаваемых инструмен. том Fill Color for Shapes – цвет заливки для форм, создаваемых инструментом . Background Color – цвет фона. Изменение цвета можно осуществить точно так же, как показано выше (рис. 30). Hit Box Size – размер «квадратика», который появляется при наведении курсора на атом или связь, pts (ниже стрелкой показан этот «квадратик»)
Bracket Width – ширина засечек у квадратных скобок (в pts):
Bracket Width
Symbol Size – размер символов (в %), которые набираются инструментами панели Symbol Tools:
Line Width – толщина линий объектов (в pts).
48
Вкладка MS Tools (инструменты масс-спектроскопии) устанавливает оформление результатов работы инструментов MS Fragmentation и MS Documentation (рис. 29г). Изменение шрифтового оформления Font, Size, Subscript, Offset, Bold, Italic, Underline, Formula осуществляется аналогично ранее рассмотренным вкладкам. Mass Accuracy (точность измерения массы) устанавливает количество цифр после запятой, для молекулярной массы фрагментов, полученных при использовании инструмента MS Fragmentation. По умолчанию – 2. Line Width – толщина линий комментариев (в points). Leght – длина линий комментариев (в points).
Insert New Object … Действие. Позволяет выбрать тип объекта, который предстоит создать и внедрить в активный документ. Описание. Чтобы внедрить в активный документ объект, которого нет в буфере обмена или который еще не создан, можно воспользоваться командой Insert New Object. Когда выбирается команда Insert New Object, появляется диалог «Вставка объекта» (рис. 31).
Рис. 31. Диалог «Вставка объекта» (Раздел «Создать новый»)
49
Теперь Вы сможете выбрать тип объекта и одновременно его внедрить в активный документ. В списке «Тип объекта» приводятся имеющиеся на Вашем компьютере приложения, выступающие в роли OLE-серверов. Если Вы хотите создать и внедрить новый объект, выберите из данного списка тип объекта (например, Adobe Acrobat Document). Нажмите кнопку ОК, чтобы открыть выбранное приложение. Создав и обновив объект, выйдите из приложения; ChemWindow автоматически внедрит объект в поле. Если Вы уже создали и сохранили объект ранее в файле, нажмите кнопку «Создать из файла», чтобы открыть диалог «Вставка объекта – Создать из файла» (рис. 32). Нажав кнопку «Обзор» в открывшемся диалоге «Обзор» (рис. 33), Вы можете в поле «Имя файла» ввести имя объекта (имя файла) или, используя кнопки перемещения по дискам и папкам, найти нужный файл, выбрать его с помощью мыши и нажать кнопку «Открыть». При этом диалог «Обзор» будет закрыт и останется диалог «Вставка объекта» (рис. 32). Вы должны нажать кнопку ОК, чтобы внедрить выбранный объект или Cancel, чтобы выйти из диалога, не внедряя файл. Вы можете отметить ( ) поле «В виде значка», тогда в документ будет вставлен значок, обозначающий объект данного типа и имя вставленного файла. Если активируете «Связь», то в этом случае будет вставлена только ссылка на соответствующий файл, который будет запущен только в случае его активации (двойного нажатия на иконке мышкой).
Рис. 32. Диалог «Вставка объекта» (Раздел «Создать из файла»)
50
Рис. 33. Диалог «Обзор»
Links … Действие. Просматривает или обновляет связь объекта. Описание. Данная команда отображает диалог, в котором можно редактировать связь исходного приложения с объектом OLE в файле. С помощью этой команды можно восстановить разрушенную связь после изменения имени или местоположения связанного файла.
Объект Действие. Активизирует или изменяет объект OLE. Описание. После применения команды Insert New Object, в меню Edit появляется новая команда «Объект» (рис. 34).
Рис. 34. Элемент меню «Edit» Эта команда будет активна тогда, когда данный объект выделен. Вы можете либо активировать внедренный объект или провести его редактирование в соответствующем приложении. 51
Меню View Меню View (Вид) содержит команды, которые используются для настройки панелей инструментов и рабочего окна программы ChemWindow (рис. 35). Как видно из рисунка 35, это меню содержит только команды«переключатели», которые только включают или отключают соответствующую панель или команду. Включенная панель помечается . Панели инструментов могут располагаться в верхней части окна программы рядом со строкой меню (встроенные панели инструментов) или быть в любом месте экрана в виде отдельного окна (плавающие панели инструментов) (рис. 9 на с. 25). Вход в меню осуществляется путем наведения указателя мыши на слово View, в строке меню или нажатием комбинации клавиш ALT+V на клавиатуре.
Рис. 35. Меню «View»
52
Standard Tools Действие. Включает панель инструментов Standard Tools (стандартная панель инструментов). Описание. Панель инструментов Standard Tools (рис. 36) содержит основной набор стандартных инструментов. Ниже приведено назначение каждого инструмента.
Рис. 36. Панель инструментов «Standard Tools» Создать новый документ. Аналог команды меню File – New Document (Ctrl–N) (см. с. 26). Инструмент Selection (выделение) – выделение прямоугольных фрагментов (см. с. 105). Инструмент Lasso (лассо) – выделение произвольных фрагментов (см. с. 106). Инструмент Label (этикетка) – создание подписи атомов или групп атомов (см. с. 127). Инструмент Standard Bond (одинарная связь) – создание одинарной связи (см. с. 110). Инструмент Cyclohexane (циклогексан) – создание циклогексанового кольца (При одновременном нажатии клавиши Alt – бензольное кольцо «Кекуле»
) (см. с. 124).
Инструмент Circle Benzene (бензол) – рисование бензольного кольца с кольцом внутри (При одновременном нажатии клавиши ALT – бензольное кольцо «Кекуле»
) (см. с. 124).
Инструмент Benzene (бензол) – создание бензольного кольца (см. с. 124). Инструмент Cyclopentane (циклопентан) – создание циклопентанового кольца (при одновременном нажатии клавиши ALT – циклопентадиен) (см. с. 124).
53
Инструмент Hierarchical Template (иерархический шаблон) – загружает шаблон инструментов, которые из файлов находящихся в каталоге, который устанавливается в меню File – Preferences. При первом нажатии левой кнопки мыши на этот инструмент происходит загрузка шаблона. При следующем нажатии и удержании левой кнопки мыши появляется меню:
В появившемся меню необходимо выбрать соответствующую группу структур, а затем в этой группе выбрать нужную структуру (см. с. 147). Инструмент Annotation Tool (средство комментария) – создание аннотации для выбранного объекта. Инструмент Wedge Bond (клиновидная связь) – создание клиновидной связи (см. с. 110). Инструмент Hashed Wedge (штриховой клин) – создание штриховой клиновидной связи (см. с. 110). Инструмент Inside Double Bond (двойная связь) – создание двойной связи с более короткой внутренней связью (см. с. 110). Инструмент Reaction (реакция) – создание стрелки направления химической реакции (см. с. 120). Последние четыре инструмента с красным треугольником внизу, означающим, что это настраиваемые инструменты. Нажав на такой инструмент и удержав кнопку 2 и более секунды, можно из появившегося меню выбрать любой инструмент и назначить его выбранной кнопке (рис. 37).
54
Рис. 37. Изменение настраиваемых инструментов
Custom Palette Действие. Включает панель инструментов Custom Palette (заказная палитра). Описание. Панель инструментов Custom Palette (рис. 38) содержит настраиваемый набор инструментов. Настройка всех инструментов осуществляется так, как описано ранее (рис. 37).
Рис. 38. Панель инструментов «Custom Palette»
Commands Действие. Включает панель инструментов Commands (команды). Описание. Панель инструментов Commands (рис. 39) содержит основные команды управления программой ChemWindow. Все эти команды доступны через систему меню.
Рис. 39. Панель инструментов «Commands» 55
Открыть файл. Аналог команды меню File – Open (Ctrl–O) (см. с. 28). Сохранить файл. Аналог команды меню File – Save (Ctrl–S) (см. с. 31). Распечатать активный документ. Аналог команды меню File – Print (Ctrl–P) (см. с. 33). Отменяет последние выполненные действия. Аналог команды меню Edit – Undo (Сtrl+Z или ALT+BackSpace) (см. с. 39). Повторяет действие, отмененное перед этим с помощью команды Undo. Аналог команды меню Edit – Redo (см. с. 40). Удаляет выделенный фрагмент и помещает его в буфер обмена. Аналог команды меню Edit – Cut (Сtrl+X или Shift+Del) (см. с. 40). Копирует выделенный фрагмент и помещает его в буфер обмена. Аналог команды меню Edit – Copy (Сtrl+C или Ctrl+Ins) (см. с. 40). Помещает содержимое буфера обмена туда, где находится курсор. Аналог команды меню Edit – Paste (Сtrl+V или Shift+Ins) (см. с. 41). Присоединяет выбранные объекты через узловые точки. Аналог команды меню Edit – Join (Сtrl+J) (см. с. 41). Перенести на передний план. Аналог команды меню Arrange – Bring to Front (см. с. 67). Перенести на задний план. Аналог команды меню Arrange – Send to Back (см. с. 67). Сгруппировать. Аналог команды меню Arrange – Group (Ctrl–G) (см. с. 67). Разгруппировать. Аналог команды меню Arrange – Ungroup (Ctrl–U) (см. с. 67). Включает режим свободного вращения. Аналог команды меню Arrange – Free rotate (см. с. 67). Отразить по горизонтали. Аналог команды меню Arrange – Flip Horizontal (см. с. 67). Отразить по вертикали. Аналог команды меню Arrange – Flip Vertical (см. с. 67). Упорядочить объекты. Аналог команды меню Arrange – Align Objects (см. с. 67).
56
Включает перекрестие. Аналог команды меню Arrange – Crosshair (см. с. 67). Помощь. Аналог команды меню Help – Help Topics … (см. с. 67).
Bond Tools Действие. Включает панель инструментов Bond Tools (инструменты связей). Описание. Панель инструментов Bond Tools (рис. 40) содержит основные команды для работы с различными типами химических связей.
Рис. 40. Панель инструментов «Bond Tools» Dash Bond – пунктирная связь. Bold Bond – утолщенная связь. Hash Bond – штриховая связь. Wedge Bond – стереохимическая сплошная связь. Hashed Wedge – стереохимическая штриховая связь. White Wedge Bond – стереохимическая полая связь. Undefined Bond – волнистая связь. Double Bond – двойная связь. Inside Double Bond – двойная связь с укороченной линией. Dashed Double Bond – двойная связь с пунктирной линией.
57
Inside Bold Double Bond – двойная связь с утолщенной линией. Triple Bond – тройная связь. Quadruple Bond – четверная связь.
Graphic Tools Действие. Включает панель инструментов Graphic Tools (графические инструменты). Описание. Панель инструментов Graphic Tools (рис. 41) содержит команды для работы с графическими объектами.
Рис. 41. Панель инструментов «Graphic Tools» Инструмент Caption Tool – для создания подписей и заголовков к схемам и химическим структурам. Инструмент Table Tool – служит для создания таблицы. В случае использования инструмента с одновременным нажатием клавиши Shift можно изменять ширину ячеек. Инструмент Rectangle Tool предназначен для создания прямоугольников. В случае использования инструмента с одновременным нажатием клавиши Shift рисуется квадрат. Инструмент Shadow Rectangle Tool предназначен для создания прямоугольников с тенью. В случае использования инструмента с одновременным нажатием клавиши Shift рисуется квадрат с тенью. Инструмент Rounded Rectangle Tool предназначен для создания прямоугольников со скошенными углами. В случае использования инструмента с одновременным нажатием клавиши Shift рисуется квадрат со скошенными углами. Инструмент Shadow Rounded Rectangle Tool предназначен для создания прямоугольников со скошенными углами и тенью. В случае использования инструмента с одновременным 58
нажатием клавиши Shift рисуется квадрат со скошенными углами и тенью. Mechanistic Arrow Tool. Кривая Безье со сплошной стрелкой. Electron Arrow Tool. Кривая Безье с острой стрелкой. Circle, Arc, Oval Tool. Рисование окружностей. При повторном использовании инструмента внутри нарисованной окружности позволяет нарисовать дугу со стрелкой или без. В случае использования инструмента с одновременным нажатием клавиши Shift рисуется овал. Dashed Circle, Arc, Oval Tool. То же самое, что и предыдущий инструмент, но линия – пунктирная. Double Brace Tool. Парные фигурные скобки. Single Brace Tool. Одинарная фигурная скобка. Parentheses Tool. Парные круглые скобки. Инструмент Shape Tool предназначен для создания произвольных форм. Инструмент Shape Editing Tool предназначен для редактирования форм, созданных инструментом Shape Tool.
Orbital Tools Действие. Включает панель инструментов Orbital Tools (инструменты орбиталей). Описание. Панель инструментов Orbital Tools (рис. 42) содержит команды для работы с создания и редактирования орбиталей.
Рис. 42. Панель инструментов «Orbital Tools» Все инструменты с данной панели позволяют нарисовать различные типы орбиталей. Все приведенные орбитали или их комбинации
59
позволяют создать практически любой по сложности объект, содержащий орбитали.
Other Tools Действие. Включает панель инструментов Other Tools (другие инструменты). Описание. Панель инструментов Other Tools (рис. 43) содержит другие инструменты для работы с объектами.
Рис. 43. Панель инструментов «Other Tools» Инструмент Eraser – объекты целиком или часть отдельных объектов. Cyclopropane. Позволяет создать циклопропановое кольцо. При одновременном использовании клавиши Alt – циклопропен. Cyclobutane. Позволяет создать циклобутановое кольцо. При одновременном использовании клавиши Alt – циклобутадиен. Cyclopentane. Позволяет создать циклопентановое кольцо. При одновременном использовании клавиши Alt – циклопентадиен. Cyclohexane Boat. Позволяет создать циклогексановое кольцо в конформации «ванна». Cyclohexane Chair. Позволяет создать циклогексановое кольцо в конформации «кресло». Инструмент Chain (цепь) позволяет создать цепочку многократно повторяющихся связей, не рисуя их по отдельности. Bracket. Создает квадратные скобки с возможностью указания верхних и нижних индексов. Чаще всего этот инструмент применяется для создания сокращенных структур полимеров. Newman Projection. Конформации «Ньюмана».
60
Инструмент MS Fragmentation позволяет быстро «фрагментировать» молекулу на фрагменты с указанием молекулярных масс образовавшихся частиц. Инструмент MS Documentation создает линию фрагментации молекулы (не разбивая ее) с указанием молекулярных масс частей молекулы.
Reaction Tools Действие. Включает панель инструментов Reaction Tools (инструменты направления реакции). Описание. Панель инструментов Reaction Tools (рис. 44) содержит другие инструменты для построения схем реакций.
Рис. 44. Панель инструментов «Reaction Tools» Инструменты данной панели позволяют нарисовать различные стрелки, указывающие направление химических реакций. Reaction – стрелка, указывающая направление реакции. Dashed Arrow – пунктирная стрелка. Resonance Arrow – стрелка, указывающая равновесие между резонансными структурами. Equilibrium Arrow – стрелка химического равновесия. Half Equilibrium Arrow – одиночная равновесная стрелка. Retrosynthetic Arrow – стрелка для ретросинтетического направления. 90 degree Arrow – стрелка под углом 90°.
61
Symbol Tools Действие. Включает панель инструментов Symbol Tools (символы). Описание. Панель инструментов Symbol Tools (рис. 45) содержит инструменты для установки на атомах различных символов (заряды, радикалы, ион-радикалы, греческие символы и т.д.).
Рис. 45. Панель инструментов «Symbol Tools» Панель состоит из двух частей. В одной части представлены символы, обозначающие свойства атома (заряды, радикалы и т.д.):
Другая – позволяет последовательно проводить нумерацию атомов в цепочке или в циклах с использованием цифр
или цифр со
штрихами
, латинскими буквами
или латинскими буквами со
штрихами
и греческими буквами
или греческими буквами со
штрихами
.
Template Tools Действие. Включает панель инструментов Template Tools (шаблоны). Описание. Панель инструментов Template Tools (рис. 46) содержит инструменты-шаблоны, с некоторыми простейшими структурами. Эти структуры в специализированном файле templates.cwt, доступ к которому прописан в меню File – Preferences (см. с. 36). В принципе можно поменять этот файл на другой, указав к нему путь в Preferences. На эту панель можно поместить наиболее часто используемые структуры и использовать их в своей повседневной работе.
62
Рис. 46. Панель инструментов «Template Tools» Некоторые структуры, представленные на панели Template Tools, были рассмотрены ранее. Из оставшихся можно выделить следующие: Различные начертания пятичленного цикла для создания стереохимических структур. Шестичленный цикл для создания стереохимических структур. Семичленный цикл. Восьмичленный цикл. Оси, направляющие. Октаэдр.
Style Bar Действие. Включает панель инструментов Style Bar (панель стилей). Описание. Панель инструментов Style Bar (рис. 47) содержит инструменты, которые позволяют изменять настройки стиля по умолчанию к различным элементам текста.
Рис. 47. Панель инструментов «Style Bar» Style. Установка текущего стиля работы с документом. Font. Установка шрифта для набора текста. Size. Размер текущего шрифта. Set Color. Цвет текущего шрифта. 63
Bold. Стиль написания текущего шрифта – жирный. Italic. Стиль написания текущего шрифта – наклонный. Underline. Стиль написания текущего шрифта – подчеркнутый. Subscript. Стиль написания текущего шрифта – нижний индекс (x2). Superscript. Стиль написания текущего шрифта – верхний индекс (x2). Formula. Стиль написания текущего шрифта – «формула». Left Text Alignment. Выравнивание текста по левому краю. Center Text Alignment. Выравнивание текста по центру. Right Text Alignment. Выравнивание текста по правому краю.
Graphics Style Bar Действие. Включает панель инструментов Graphics Style Bar (графический стиль). Описание. Панель инструментов Graphics Style Bar (рис. 48) содержит установки стиля для графических элементов.
Рис. 48. Панель инструментов «Graphics Style Bar» Shape Fill Color. Цвет линии форм, создаваемых инструментом . Shape Line Color. Цвет заливки для форм, создаваемых инструментом . Line Width. Толщина линий графических объектов.
64
Shape Solid Line Style. Стиль линий «нормальный» для форм, создаваемых . инструментом Shape Dash Line Style. Стиль линий «пунктирный» для форм, создаваемых . инструментом
Zoom Bar Действие. Включает панель инструментов Zoom Bar (панель инструментов изменения масштаба). Описание. Панель инструментов Zoom Bar (рис. 49) содержит инструменты, которые позволяют изменять масштаб изображения текущего документа.
Рис. 49. Панель инструментов «Zoom Bar» Zoom. Устанавливает масштаб изображения. Нажи, можно выбрать из нескольких мая на кнопку фиксированных (12, 25, 50, 100, 150, 200, 400, 800%) необходимый масштаб, или поместив курсор в это поле набрать произвольный масштаб и нажать клавишу Enter. Pan-Zoom. Данный инструмент позволяет масштаб выделенного фрагмента увеличить до размеров текущего окна. Zoom In. Этот инструмент позволяет последовательно увеличивать масштаб изображения (от текущего) в соответствии с фиксированными масштабами изображения (12, 25, 50, 100, 150, 200, 400, 800%). Zoom Out. Этот инструмент позволяет последовательно уменьшать масштаб изображения (от текущего) в соответствии с фиксированными масштабами изображения (12, 25, 50, 100, 150, 200, 400, 800%). 65
Zoom Actual Size. Позволяет вернуть масштаб данного изображения к исходному (100%). Whole Page. Устанавливает масштаб текущего окна по высоте страницы (так, чтобы вся страница по высоте вмещалась в текущее окно). Page Width. Устанавливает масштаб текущего окна по ширине страницы (так, чтобы вся страница по ширине вмещалась в текущее окно).
Rulers Действие. Включает линейки Rulers. Описание. Установка линеек (Rulers) (рис. 9 с. 25) облегчает позиционирование курсора при использовании программы ChemWindow.
Status Bar Действие. Включает строку помощи Status Bar. Описание. Строка помощи (Status Bar) (рис. 9 с. 25) помогает получить постоянную помощь по использованию выбранного инструмента. Наряду с обычными инструкциями по использованию выбранного инструмента, указываются дополнительные функции инструмента, которые активируются путем использования дополнительных клавиш (Shift, Alt, Ctrl). Однако все эти пояснения приведены на английском языке /.
66
Меню Arrange Меню Arrange (Размещение) содержит команды, которые управляют размещением графических объектов друг относительно друга и внутри страницы (рис. 50). Вход в меню осуществляется путем наведения указателя мыши на слово Arrange в строке меню или нажатием комбинации клавиш ALT+A на клавиатуре.
Рис. 50. Меню «Arrange»
67
Bring to Front Действие. Перемещает выбранные объекты вперед. Описание. Команда Bring to Front (поместить вперед)
для
работы с перекрывающимися объектами. В результате применения этой команды происходит перемещение выбранного объекта (или объектов) на передний план. Например, на рисунке 51а показаны два объекта, которые перекрываются друг с другом, а на рисунке 51б – после применения команды Bring to Front.
Рис. 51. Пример использования команды «Bring to Front»: а – до использования команды Bring to Front; б – после ее применения
Send to Back Действие. Перемещает выбранные объекты назад. Описание. Команда Send to Back (поместить назад)
анало-
гична команде Bring to Front, но противоположна по действию. В результате применения этой команды происходит перемещение выбранного объекта (или объектов) на задний план. Например, на рисунке 52 показан пример использования этой команды на фрагменте химической структуры (бицикло[2,2,1]гептан). На рисунке 52а – химическая структура до использования команды Send to Back, а на рисунке 52б – после ее применения команды. б
а
Рис. 52. Пример использования команды «Send to Back»: а – до использования команды Send to Back; б – после ее применения 68
Group Комбинация клавиш СTRL+G Действие. Производит группировку выбранных графических объектов в один графический объект. Описание. Команда Group (сгруппировать)
позволяет
сгруппировать несколько выделенных объектов в один графический объект. Эта команда используется в тех случаях, когда необходимо объединить несколько графических объектов в один. Например, схемы реакций, ионы и другие графические объекты. На рисунке 53 приведен пример использования команды Group. На рисунке 53а схема состоит из нескольких графических объектов (молекула, название, стрелки), а после использования команды Group (рис. 53б) – только один графический объект. а
б
Рис. 53. Пример использования команды «Group»: а – до использования команды Group; б – после ее применения
Ungroup Комбинация клавиш СTRL+U Действие. Производит разгруппировку выбранного объекта в несколько исходных графических объектов. Описание. Команда Ungroup (разгруппировка)
является
противоположной по своему действию команде Group. Эта команда используется в тех случаях, когда необходимо разгруппировать ранее сгруппированные объекты. На рисунке 53б показан сгруппированный объект. Если к этому объекту применить команду Ungroup, то в результате ее использования будет несколько объектов, как показано на рисунке 53а.
69
Rotate … Комбинация клавиш СTRL+R Действие. Данная команда поворачивает выделенный объект или группу объектов на указанный угол. Описание. При выборе команды Rotate (вращение) появляется диалог (рис. 54). В этом диалоге Вам следует указать угол (в градусах) на который следует повернуть, выбранный объект. Обратите внимание, что поворот осуществляется против часовой стрелки. Вы можете указать отрицательную величину (например, –15), тогда объект будет повернут по часовой стрелке.
Рис. 54. Диалог «Rotate» На рисунке 55 приведен пример использования этой команды, где бензольное кольцо (рис. 55а) с помощью команды Rotate повернули на 15° (рис. 55б). а
б
Рис. 55. Пример использования диалога «Rotate»
Scale … Комбинация клавиш СTRL+5 Действие. Данная команда позволяет осуществить масштабирование выделенных объектов на указанный процент. Описание. При выборе Scale (масштабирование) команды появляется диалог (рис. 56). В этом диалоге Вам следует указать значение (в процентах) на которое следует осуществить масштабирование. Значение меньше 100% уменьшает объект, а больше 100% увеличивает.
70
Рис. 56. Диалог «Scale» На рисунке 57 приведен пример использования этой команды, где структуру бензола (рис. 55а) с помощью команды Scale сначала уменьшили на 50% (рис. 57б), а затем увеличили на 50% (рис. 55в), для чего указали в поле Scale By указали значение 150%. а
в
б
Рис. 57. Пример использования диалога «Scale» Ту же операцию можно осуществить и с помощью мыши. Для этого сначала нужно выделить объект и навести курсор мыши на один из угловых маркеров границ объекта (рис. 58а), а затем, нажав левую кнопку мыши и не отпуская ее, «потащить» указатель мыши до желаемого результата. При этом произойдет пропорциональное (по ширине и высоте) изменение размеров объекта. Причем рядом с курсором будет указан процент, на которое произошло масштабирование (рис. 58б). Если Вы наведете курсор на один из боковых маркеров или на верхний или нижний маркер (но не угловой!) и точно так же начнете изменять размер объекта, то это изменение будет происходить только по оси X или оси Y (рис. 58в). Того же результата можно добиться, если Вы проводите масштабирование по угловому маркеру, но с нажатой клавишей Shift.
71
а
б
в
Рис. 58. Пример масштабирования с помощью мыши: а – исходное выделенное изображение; б – пропорциональное масштабирование по угловому маркеру; в – масштабирование вдоль оси X
Size … Действие. Данная команда позволяет осуществить изменение размера выделенного объекта и изменение его местоположения на листе. Описание. При выборе команды Size (размер) появляется диалог (рис. 59). В этом диалоге для предварительно выделенного объекта Вам следует указать расстояние от левого края страницы (Left), от верхнего края листа (Top), ширину объекта (Width) и его высоту (Height). В поле «единицы измерения» (Measure In) указывается выбранная размерность (points, inches, cm). Таким образом, данная команда аналогична предыдущей команде Scale, но в отличие от нее позволяет указать точное численное значение размера объекта и определять местоположение данного объекта на странице.
Рис. 59. Диалог «Scale»
72
Free Rotate Действие. Включает (выключает) режим свободного вращения. Описание. При выборе команды Free Rotate (свободное вращение)
включается (выключается) режим свободного вращения,
при котором Вы можете с помощью мыши повернуть выделенный объект на любой угол. Этот режим аналогичен команде Rotate, но в отличие от нее повернуть выделенный объект можно произвольно на любой угол, как удобно пользователю. При выборе этого режима в меню Arrange пункт меню Free Rotate помечается . Для осуществления вращения объекта надо навести курсор мыши на угловой маркер выделения объекта. При этом маркер-курсор изменит свою форму, (рис. 60а). Чтобы повернуть объект надо, нажав левую кнопстав – ку мыши, отбуксировать курсор мыши в нужном направлении (рис. 60б). При этом на экране отображается угол, на который происходит поворот объекта. Как только Вы отпустите кнопку мыши, поворот объекта будет закончен. Обратите внимание, что при включенном режиме свободного вращения Вы не сможете с помощью мыши изменить размер объекта, как это описано в разделе Scale (с. 41). а
б
Рис. 60. Пример использования режима «Free Rotate»: а – исходный выделенный объект при включенном режиме Free Rotate; б – выделенный объект в момент поворота при включенном режиме Free Rotate
Flip Horizontal Действие. Отобразить по горизонтали. Описание. При выполнении команды Flip Horizontal (отобразить по горизонтали)
выделенный объект отражается по горизонтали
слева направо (рис. 61). На рисунке 61 приведен пример использования такой команды. 73
б
а
Рис. 61. Пример использования команды «Flip Horizontal»: а – исходный объект; б – Объект после выполнения команды Flip Horizontal
Flip Vertical Действие. Отобразить по вертикали. Описание. При выполнении команды Flip Vertical (отобразить по вертикали)
выделенный объект отражается по вертикали сверху
вниз (рис. 62). На рисунке 62 приведен пример использования такой команды. а
б
Рис. 62. Пример использования команды «Flip Vertical»: а – исходный объект; б – объект после выполнения команды Flip Vertical
Space Objects … Комбинация клавиш СTRL+K Действие. Устанавливает расстояние между выделенными объектами и одновременно выравнивает их. Описание. Команда Space Objects (расстояние между объектами) применяется к только нескольким выделенным объектам. При выполнении этой команды появляется диалог Space Objects (рис. 63). В поле 74
Space By Вы должны установить расстояние между объектами в тех единицах, которые можно выбрать в поле Measure In (points, inches, cm). Переключатель Direction служит для выбора типа выравнивания – по вертикали (Vertical) или горизонтали (Horizontal).
Рис. 63. Диалог «Space Objects»
На рисунке 64 показан пример использования команды Space Objects. На рисунке 64а показаны два бензольных кольца, которые были произвольно расположены друг относительно друга. Затем они были выровнены по горизонтали с расстоянием между ними 1 см (рис. 64б). На рисунке 64в показаны те же объекты, которые были выронены по вертикали с расстоянием между ними 1 см. а
б
Рис. 64. Пример использования диалога Space Objects: а – исходные объекты; б – объекты, которые были выровнены по горизонтали с расстоянием между ними 1 см; в – объекты, которые были выровнены по вертикали с расстоянием между ними 1 см
в
75
Align Оbjects … Комбинация клавиш F11 Действие. Упорядочивает выделенные объекты. Описание. При выполнении команды Align Оbjects (упорядочить объекты)
появляется диалог (рис. 65). В этом диалоге Вы долж-
ны выбрать тип выравнивания объектов Horizontal Alignment (горизонтальное выравнивание) и(или) Vertical Alignment (вертикальное выравнивание): No Change (без изменений), Left Sides (по левому краю), Centers (по центру), Right Sides (по правому краю), Tops (по верху), Bottoms (по низу). При использовании команды выравнивание происходит по граничным точкам (маркерам) объекта, а не по фактическим границам объекта. Поэтому при применении выравнивания это следует иметь в виду.
Рис. 65. Диалог «Align Оbjects»
Center On Page Действие. Помещает выделенные объекты в центр страницы. Описание. При выполнении команды Center On Page происходит перемещение выделенных объектов в центр страницы, размер которой устанавливается в диалоге Page Setup (с. 32). На рисунке 66 приведен пример страницы, на которой структура была помещена в ее центр с помощью команды Center On Page.
76
Рис. 66. Пример страницы в центре которой расположена структура с помощью команды Center On Page
Crosshair Действие. Устанавливает на странице перекрестье из двух линий. Описание. При выполнении команды Crosshair
на странице
можно установить перекрестье из двух линий, которое используется для выравнивания и позиционирования графических объектов. Для того чтобы перенести перекрестье в другое место, достаточно перенести курсор в нужное место экрана и вновь позиционировать курсор.
77
Меню Analytical Меню Analytical (Аналитическое) содержит команды, которые позволяют выполнять некоторые дополнительные команды по анализу химических структур, а также небольшую таблицу Д.И. Менделеева (рис. 67). Вход в меню осуществляется путем наведения указателя мыши на слово Analytical в строке меню или нажатием комбинации клавиш ALT+N на клавиатуре.
Рис. 67. Меню «Analytical»
Calculate Mass … Действие. Вычисляет молекулярную массу выбранного объекта. Описание. Команда Calculate Mass (вычислить массу) предназначена для работы с выделенными объектами. При выполнении этой команды появляется диалог (рис. 68), в котором в соответствующих полях появляются свойства выбранного объекта. Например, в рабочем окне программы ChemWindow была выделена молекула нафталина и выполнена команда Calculate Mass. В результате этого появилось окно, где в поле Formula приведена брутто-формула молекулы нафталина, в поле Molecular Mass – его молекулярная масса, в поле b – точная молекулярная масса, а в поле Composition – массовая доля элементов, входящих в состав выбранной молекулы. Вы можете отключить каждое поле, убрав напротив соответствующего поля. Результат вычислений может быть помещен непосредственно под выделенной формулой. Для этого необходимо нажать кнопку Paste. Пример такой структуры приведен на рисунке 69. Если Вы не хотите этого делать, то следует нажать кнопку Cancel. 78
Рис. 68. Диалог «Calculate Mass»
C10H8 128.17 128.062600 C 93.71% H 6.29%
Рис. 69. Пример использования диалога «Calculate Mass»
Formula Calculator … Действие. Производит простейшие вычисления с выбранной структурой. Описание. Команда Formula Calculator (формульный калькулятор) предназначена для простейших вычислений с выбранной структурой. Для ее использования необходимо стандартными средствами выделить структурную формулу (например, структуру нафталина) и выполнить команду Formula Calculator. Появится окно команды Formula Calculator (рис. 70а). В поле Formula приведена бруттоформула выбранной структуры, а поле Grams per Mole – молярная масса (г/моль). В поле Moles можно изменять количество моль данного вещества, тогда в поле Mass будет появляться значение массы (г), соответствующее данному количеству вещества. Или можно изменять значение массы в поле Mass, тогда в поле Moles Вы получите количество вещества, которое соответствует данной массе вещества. Обратите внимание, что, в отличие от всех ранее рассмотренных команд, при выполнении команды Formula Calculator открывается отдельное окно, которое можно закрыть, нажав на кнопку , или свернуть, нажав . В этом случае окно будет свернуто в строку с заголовна кнопку ком (рис. 70б). Чтобы вернуть окно в исходное состояние, нужно на79
. Такого рода окна позволяют перемещаться между жать на кнопку Formula Calculator и рабочим полем программы ChemWindow. Для того чтобы использовать команду Formula Calculator, не обязательно выделять структуру. В поле Formula можно самостоятельно набрать любую брутто-формулу и провести аналогичные расчеты. б
а
Рис. 70. Окно команды «Formula Calculator»: а – в развернутом, б – в свернутом состоянии
Periodic Table … Действие. Вызывает на экран окно с периодической таблицей Д.И. Менделеева. Описание. Команда Periodic Table (периодическая таблица) вызывает на экран окно с периодической таблицей Д.И. Менделеева (рис. 71). Окно обладает такими же свойствами, что и окно Formula Calculator, описанное выше. Указателем мыши выбрав определенный элемент (например, железо), в маленьком окошке в центре можно посмотреть его свойства (порядковый номер – 26; возможные валентности – 2, 3, 4, 6; символ – Fe; точную молекулярную массу – 55,847000). Для того чтобы отредактировать свойства выбранного элемента, нужно нажать кнопку Edit рядом с информационным окном, или на само информационное окно. Любое из этих действий приведет к появлению окна редактирования Element Properties (свойства элемента) (рис. 72). В данном окне Вы можете отредактировать или добавить изотопы данного элемента. В поле Isotope указано массовое число изотопа, в поле Mass – его точная атомная масса, а в поле Abundance – его массовая доля в природе. Все эти данные можно редактировать и добавлять, если есть более точные сведения.
80
Рис. 71. Окно «Periodic Table»
Рис. 72. Диалог «Element Properties» Внимание! Имейте в виду, что неправильно введенные данные могут привести к нежелательным результатам при проведении расчетов с помощью команд Calculate Mass, Formula Calculator, MS Fragmentation, MS Documentation и некоторых других. Поэтому проводите изменения, только если Вы точно уверены в них. 81
С помощью окна Periodic Table Вы можете изменять элементы в структурах. Для этого атом (или группа атомов) должны быть выделе. При выборе элемента в окне ны с помощью инструмента «Лассо» Periodic Table выделенный атом (атомы) в редактируемой структуре будет заменен на этот элемент и автоматически свободные валентности этого элемента дополнены атомами водорода (рис. 73). На рисунке 73а представлено окно программы ChemWindow с активированным окном Periodic Table. В нарисованной структуре один . В окне Periиз атомов выделен с помощью инструмента «Лассо» odic Table был выбран элемент N и сразу же после этого выделенный атом в исходной структуре был заменен на группу NH2 (рис. 73б). а
б
Рис. 73. Использование «Periodic Table» при создании структур: а – исходная структура с выделенным атомом; б – та же структура, но после выбора в окне Periodic Table элемента N 82
Меню Other В меню Other (другое) сосредоточены команды, которые не вошли в другие меню и выполняют разнообразные дополнительные (не основные) операции (рис. 74). Вход в меню осуществляется путем наведения указателя мыши на слово Other в строке меню или нажатием комбинации клавиш ALT+O на клавиатуре.
Рис. 74. Меню «Other»
Сheck Chemistry Комбинация клавиш F10 Действие. Проверяет правильность созданной структуры с точки зрения химии. Описание. При выполнении команды Сheck Chemistry (проверка химии) осуществляется проверка созданной структуры с точки зрения 83
правильности химизма ее написания. Для того чтобы проверить конкретную структуру, необходимо ее предварительно выделить стандартными средствами (в противном случае будет проверен весь доступный документ) и применить команду Сheck Chemistry. В случае отсутствия ошибок будет показано информационное сообщение «Finished checking the document» (рис. 75), извещающее о том, что проверка документа закончена.
Рис. 75. Информационное окно команды «Check Chemistry» В случае наличия химических ошибок в проверяемой структуре при выполнении команды Check Chemistry появляется дополнительная панель, а в месте предполагаемой ошибки будет мигать курсор (рис. 76). Рядом с кнопками на появившейся дополнительной панели будет указана краткая характеристика ошибки. В примере, приведенном на рисунке 76, – это «The valence is not correct» – неправильная валентность. Вы можете исправить эту ошибку (удалив цифру 2), тогда кнопка «Ignore» (игнорировать) превратится в кнопку «Continue» (продолжить) и, нажав на эту кнопку, Вы сможете перейти к следующей ошибке или закончить проверку, если ошибок больше нет. В последнем случае появится информационное окно (рис. 75). Если не нужно исправлять эту ошибку, то можно перейти к следующей, нажав кнопку «Ignore». Для того чтобы пропустить все ошибки, следует нажать кнопку «Ignore All» (игнорировать все), при этом появится информационное окно (рис. 75). Если Вы попытаетесь вновь проверить эту же структуру, то проигнорированные ошибки не будут показаны. Можно нажать кнопку «Learn» (обучить), тогда то, что программа посчитала ошибкой, впоследствии будет считаться правильным. Поэтому использовать эту функцию следует весьма осторожно, только тогда когда Вы уверены в правильности своих действий! Вы можете выйти из режима проверки, нажав кнопку «Exit».
84
Игнорировать
Игнорировать все
Обучить
Выход
Характер ошибки
М игающий курсор
Рис. 76. Пример выполнения команды «Сheck Chemistry» Обратите внимание, что все символы, обозначающие атомы, должны быть набраны с помощью инструмента Label ( ), иначе они не будут восприниматься как обозначения атомов и при выполнении команды Check Chemistry появится сообщение об ошибке.
Make Stick Structure Действие. Преобразует сокращенные структурные формулы или сокращения в структурах в развернутую структурную формулу. Описание. При выполнении команды Make Stick Structure (сделать структуру в виде ломаных) происходит преобразование структуры, которая является сокращенной структурной формулой или содержит сокращения функциональных групп в развернутую структурную формулу (в виде ломаных), в которой атомы углерода и водорода не обозначаются, а указываются только гетероатомы и атомы водорода в функциональных группах (например, гидроксильная группа –OH). 85
Для того чтобы осуществить преобразование, необходимо выделить эту структуру стандартными средствами и выполнить команду Make Stick Structure. Например, на рисунке 76 приведены несколько примеров использования команды Make Stick Structure. Данная команда выполняется не всегда корректно. И полученная структура не всегда удовлетворяет пользователя. Поэтому не забывайте, что всегда имеется возможность, используя команду Edit – Undo (Ctrl–Z), вернуть первоначальную структуру.
CH3CH2CH2CH2CH2CH2CH3
Make Stick Structure
O
COOC2H5
O
Make Stick Structure
O
O
O Ac COOH
O
OH
Make Stick Structure
Рис. 77. Примеры выполнения команды «Make Stick Structure»
Make Labeled Structure Действие. Преобразует развернутые структурные формулы в сокращенные. Описание. Команда Make Labeled Structure (сделать структуру в сокращенном виде) является по своему действию противоположной по действию команде Make Stick Structure. При ее выполнении происходит преобразование структуры, которая является развернутой структурной формулой в структурную формулу, в которой функциональные группы будут приведены в виде принятых сокращений. Для того чтобы осуществить преобразование, необходимо выделить эту 86
структуру стандартными средствами и выполнить команду Make Labeled Structure. Например, на рисунке 78 приведены несколько примеров использования команды Make Labeled Structure. Команда Make Labeled Structure, как и ранее рассмотренная команда Make Stick Structure, выполняется не всегда корректно. Поэтому не забывайте, что всегда имеется возможность, используя команду Edit – Undo (Ctrl–Z), вернуть первоначальную структуру. Make Labeled Structure
O
CH3(CH2)5CH3
O
COOCH2CH3 Make Labeled Structure
O
O O
CH3COO
OH
COOH
Make Labeled Structure
Рис. 78. Примеры выполнения команды «Make Labeled Structure»
Add User Chemistry … Действие. Добавляет нестандартные сокращения групп атомов. Описание. Команда Add User Chemistry (добавить пользовательскую структуру) позволяет нестандартные (пользовательские) сокращения групп атомов. Например, известны сокращения групп: –CH3 – Me; CH3COO– – Ac; C6H5– – Phe и т.д. Вы можете самостоятельно создать такую структуру и использовать сокращение в дальнейшей работе, например, для остатка хлоруксусной кислоты
87
O Cl CH2 C
O
,
который часто используется в работе и необходимо ввести сокращение, которое будет его обозначать. Для этого в рабочем окне программы ChemWindow нарисуйте эту структуру, так, чтобы свободная валентность была связана с радикалом R: O Cl CH2 C
O
R
Затем выделите структуру стандартными средствами и выберите команду Add User Chemistry. После ее выполнения появится окно Add User Chemistry Label (рис. 79), в котором необходимо ввести то сокращение, которое будет обозначать данную группу, например CA, и нажмите OK. После этого введенное сокращение будет понятно для команд Calculate Mass, Check Chemistry, Make Stick Structure. Они также будут понятны для других химических программ, в которые структуры могут быть скопированы через буфер обмена (Clipboard). Рассмотрим пример использования такого сокращения. На рисунке 80а приведена структура фенилхлорацетата, в котором использовано сокращение CA. На рисунке 80б приведен пример использования команды Make Stick Structure, а на рисунке 80в – пример использования команды Calculate Mass. Как следует из приведенных примеров, пользовательские сокращения являются весьма эффективным инструментом создания химических структур.
Рис. 79. Окно «Add User Chemistry Label»
88
а
O
CA
Рис. 80. Примеры использования пользовательских сокращений: а – исходная структура с пользовательским сокращением; б – результат применения к этой структуре команды Calculate Mass; в – результат применения к этой структуре команды Make Stick Structure
б Cl CH2
в
C
O
CA
C8H7ClO2 170.60 170.013457 C 56.33% H 4.14% Cl 20.78% O 18.76%
Edit User Chemistry … Действие. Удаляет нестандартные сокращения групп атомов. Описание. С помощью команды Edit User Chemistry (редактировать пользовательскую структуру) можно удалить стандартное или добавленное пользователем с помощью команды Add User Chemistry сокращение (рис. 81). Для этого необходимо выделить одно или несколько сокращений и нажать кнопку Delete. После окончания редактирования нужно нажать кнопку OK, чтобы сделанные изменения вступили в силу. В противном случае следует нажать кнопку Cancel и все сделанные изменения будут отменены.
89
Рис. 81. Окно «Edit User Chemistry»
Edit Hot Keys … Действие. Редактирование «горячих» клавиш. Описание. При помощи команды Edit Hot Keys (редактировать «горячие клавиши») Вы можете создать новые комбинации «горячих» клавиш или удалить уже существующие. На рисунке 82 представлен диалог Edit Hot Keys. Вы можете выбрать в списке одну или несколько комбинаций «горячих» клавиш и, нажав клавишу Delete, удалить эти комбинации.
Рис. 82. Диалог «Edit Hot Keys» Для того чтобы создать новую пользовательскую комбинацию «горячих» клавиш необходимо нажать на кнопку New. В результате этого появится диалог New Hot Keys (рис. 83). В поле Hot Key нужно ввести ту клавишу или комбинацию клавиш, с помощью которых будет вызываться та или иная функциональная группа. В поле Label Connected 90
On Its Left нужно набрать функциональную группу, которая имеет ответвление слева, а в поле Label Connected On Its Right – функциональную группу, которая имеет ответвление справа. Чтобы подтвердить создание новой «горячей клавиши», надо нажать кнопку OK, чтобы отменить Cancel. Аналогичные действия следует провести и в диалоге Edit Hot Keys, для подтверждения сделанных изменений следует нажать кнопку OK, чтобы отменить Cancel. Поясним все вышеизложенное на примерах.
Рис. 83. Диалог «New Hot Keys» Прежде всего остановимся на том, для чего используются Hot Keys («горячие» клавиши). «Горячие» клавиши необходимы для облегчения набора химических структур, в которых часто применяются одни и те же функциональные группы. Использование «горячих» клавиш возможно при применении инструментов Например, чтобы набрать формулу:
(Standard Bond) и
HOCH2
CH2OH
можно поступить следующим образом. Сначала, используя инструмент кольцо:
(Lasso).
,
Benzene, создать бензольное
. Затем с помощью инструмента те нарисовать связь:
(Standard Bond) в нужном мес-
91
, а затем клавишу «6». В результате структура превратится в
HOCH2
.
То же самое надо повторить со второй связью. В результате получится желаемая структура:
HOCH2
CH2OH
.
Как видно из приведенной структуры, гидроксиметильную группу можно привести в двух вариантах: HOCH2– и –CH2OH. Один – со свободной валентностью справа, другой – со свободной валентностью слева. Поэтому при создании новых комбинаций «горячих» клавиш следует учитывать эту особенность (см. рис. 83). Существует группа встроенных «горячих» клавиш, которые нельзя изменить (см. табл. 1). При этом регистр набираемой буквы (строчная или прописная), не имеет значения. Результат будет одинаков. При выборе «горячей» клавиши в структуре устанавливается соответствующий атом (см. табл. 1) и все свободные валентности заполняются атомами водорода. Если Вы хотите оставить свободную валентность (или валентности) для другой(их) функциональной(ых) групп, то следует нажать на эту же клавишу еще раз, в этом случае количество атомов водорода будет уменьшено на один, и так будет происходить, пока их не останется, а затем все повторится по кругу. На рисунке 84 приведен пример использования «горячей» клавиши «С». В таблице 2 приведен перечень «горячих» клавиш, которые запрограммированы в ChemWindow, но могут быть изменены в диалоге Edit Hot Keys. В этот перечень можно добавить новые комбинации с помощью диалога Edit Hot Keys. 92
Таблица 1. Встроенные «горячие» клавиши «Горячая» клавиша
Действие
Клавиша (прописная/строчная) С/с B/b L/l F/f H/h I/I N/n O/o P/p S/s
углерод бром хлор фтор водород иод азот кислород фосфор сера
Специальные клавиши Пробел A Q X R
не маркированный углерод любой атом, но не водород любой атом, но не водород и углерод любой галоген заместитель R
Таблица 2. Перепрограммируемые «горячие» клавиши «Горячая» клавиша
Действие
Клавиша (прописная/строчная) 4 5 6 D E K M T Shift+D Shift+E Shift+K Shift+M Shift+T
Ph Ac –CH2OH или HOCH2– D Et K Me –OTs или TsO– D –COOCH3 или CH3OOC– K Me TMS
93
CH3
C
C C
CH C
CH2
C
C
Рис. 84. Пример использования «горячей» клавиши «С»
Clean Up Действие. Выравнивание структур. Описание. При помощи команды Clean Up (упорядочить) можно выровнять (упорядочить) химическую структуру, которая по каким-то причинам была набрана некорректно. На рисунке 85 приведен пример использования такой команды: исходная структура (рис. 85а) с помощью команды Clean Up выровнена (рис. 85б). HO
O
O
O
OH
OH
OH O
Рис. 85. Пример использования команды «Clean Up»: а – структура до использования команды Clean Up; б – структура после использования команды Clean Up
Check Spelling… Действие. Проверяет правописание. Описание. Данная команда предназначена для проверки правописания заголовков и подписей к созданным структурам. Встроенный словарь понимает много названий химических соединений. К сожалению, команда работает только с английским языком!
94
Edit User Dictionary … Действие. Редактирует пользовательский словарь. Описание. Данная команда тесно связана с предыдущей командой Check Spelling и предназначена для редактирования пользовательского словаря, слова в который добавляются в результате использования команды Check Spelling. Команда Edit User Dictionary также работает только с английским языком!
ChromKeeper Действие. Запускает внешнюю программу ChromKeeper для обработки хроматограмм. Описание. При выполнении этой команды выполняется одноименная внешняя программа для обработки хроматографических данных. Ее описание выходит за рамки данного руководства.
IRKeeper Действие. Запускает внешнюю программу IRKeeper для обработки ИК-спектров. Описание. При выполнении этой команды выполняется одноименная внешняя программа для обработки ИК-спектроскопических данных. Ее описание выходит за рамки данного руководства.
SymApps Действие. Запускает внешнюю программу SymApps для работы с трехмерными моделями молекул. Описание. При выполнении этой команды выполняется одноименная внешняя программа для преобразования двумерных структур, созданных в программе ChemWindow, в трехмерные и для их обработки. Ее описание выходит за рамки данного руководства.
95
Меню Window В меню Window (окно) находятся команды для работы с окнами (рис. 86). Вход в меню осуществляется путем наведения указателя мыши на слово Window в строке меню или нажатием комбинации клавиш ALT+W на клавиатуре.
Рис. 86. Меню Window
New Window Действие. Создает копию активного окна. Описание. При выполнении команды New Window (новое окно) создается копия активного окна (рис. 87). Все изменения, которые осуществляются в одном окне, тут же появляются в другом. Использование копии активного окна полезно в том случае, когда Вы работаете с большим документом и Вам необходимо видеть, например, начало и конец документа.
Cascade Действие. Располагает открытые окна каскадом. Описание. При выполнении команды Cascade (каскад) все активные окна располагаются одно поверх другого, так чтобы было видно только последнее активное окно, а у остальных – только заголовки (рис. 88). 96
Рис. 87. Новое окно, созданное при помощи команды «New Window»
Рис. 88. Результат выполнения команды «Cascade» 97
Tile Действие. Располагает все открытые окна в окне программы ChemWindow. Описание. При выполнении команды Tile (секция) все открытые окна программы ChemWindow располагают так, чтобы были одинакового размера и равнодоступны для пользователя. Пример такого расположения показан на рисунке 87.
Arrange Icons Действие. Выравнивает иконки свернутых окон по нижнему краю программы ChemWindow. Описание. При выполнении команды Arrange Icons (выровнять иконки) все свернутые окна программы ChemWindow, расположенные хаотично (рис. 89а), упорядочиваются так, как показано на рисунке 89б. а
б
Рис. 89. Окно программы ChemWindow: а – до выполнения команды Arrange Icons; б – после ее выполнения 98
1 «Имя файла» Действие. Выбор активного окна. Описание. На рисунке 86 (с. 96) показан типичный вид меню Window. Дан пример меню с одним открытым файлом Document1. Количество открытых окон зависит от доступной программе памяти. Каждому окну, соответствующему открытому файлу, присваивается порядковый номер (в порядке открытия окна). Чтобы с помощью клавиатуры переключиться с одного окна на другое, необходимо последовательно нажать следующие клавиши Alt+W, а затем цифру, соответствующую нужному окну, например, 1.
99
Меню Help В меню Help (помощь) находятся команды для вызова помощи по работе с программой ChemWindow (рис. 90). Вход в меню осуществляется путем наведения указателя мыши на слово Help в строке меню или нажатием комбинации клавиш ALT+H на клавиатуре.
Рис. 90. Меню «Help»
Help Topics … Комбинация клавиш F1 Действие. Вызывает окно помощи. Описание. При выполнении команды Help Topics (темы помощи) открывается новое окно, в котором приведены основные разделы справки по программе ChemWindow (рис. 91). Справка на английском языке и, к сожалению, весьма скудная.
Bio-Rad Laboratories on the Web Действие. Осуществляется переход на Интернет-страницы компании Bio-Rad Laborartories. Описание. При выборе этой команды осуществляется запуск встроенного Web-браузера (чаще всего это программа Internet Expoler) и переход на соответствующие Интернет-страницы компаниипроизводителя программы ChemWindow. При выборе раздела Bio-Rad 100
Home Page осуществляется переход на главную страницу Web-сервера компании Bio-Rad Laborartories (http://www.bio-rad.com). В случае выбора раздела Product News Вы должны попасть на Интернетстраницу сайта компании Bio-Rad Laborartories, посвященную новым продуктам, а при выборе раздела Technical Support – на страницу технической поддержки.
Рис. 91. Окно «ChemWindow Help»
About ChemWindow … Действие. Вызывается окно краткой информации о программе ChemWindow. Описание. При выборе команды About ChemWindow происходит открытие нового окна, в котором размещена краткая информация о программе ChemWindow (производитель, его адрес, авторские права и др.) (рис. 92). 101
Рис. 92. Окно About ChemWindow
102
ОСНОВНЫЕ ПРИЕМЫ РАБОТЫ В ПРОГРАММЕ CHEMWINDOW
Основы создания и редактирования химических структур Для создания различных по сложности химических структур в программе ChemWindow предусмотрен большой и разнообразный инструментарий. Все основные, нужные химику кольца, стрелки, связи и т.д. уже готовы. Пользователю остается собрать из них нужные структуры. Прежде чем перейти к детальному рассмотрению основных приемов создания и редактирования химических структур, необходимо остановиться на одной из ранее не описанных возможностей использования инструментария. Вместо того чтобы выводить на экран панели с разнообразными инструментами, как это рассмотрено при описании меню View (с. 52), загромождая рабочее поле большим количеством инструментов, достаточно в свободном месте рабочего поля нажать правую кнопку мыши. При этом в месте расположения указателя мыши появляется контекстное меню (рис. 93). Это меню будет находиться на экране до тех пор, пока Вы не отпустите правую кнопку мыши.
Рис. 93. Меню, которое активируется нажатием правой кнопки мыши
103
Как видно из рисунка, практически все инструменты, которые были рассредоточены по разным панелям, рассмотренным ранее (раздел View, с. 52), здесь сконцентрированы в одном месте. Для того чтобы выбрать тот или иной инструмент, нужно нажать правую кнопку и, не отпуская ее, передвигать указатель мыши так, чтобы он остановился на нужном инструменте и только после этого отпустить кнопку мыши. Нужный инструмент будет выбран. Кроме этого меню, вызываемого правой кнопкой мыши, Вы имеете возможность воспользоваться другим меню, которое вызывается также правой кнопкой мыши, но только в том случае, когда указатель мыши находится на выделенном объекте (рис. 94).
Рис. 94. Меню, которое активируется нажатием правой кнопки мыши на выделенном объекте Как видно из рисунка 94, это меню содержит команды редактирования, группировки, выравнивания и отображения. Использование инструментария, вызываемого правой кнопкой мыши, сильно облегчает и ускоряет работу по созданию химических структур. Хотя, конечно, каждый пользователь волен использовать тот способ доступа к инструментам, который ему удобен.
104
Выделение объектов Инструмент «Selection» (выделение) В ChemWindow предусмотрено несколько способов выделения объектов. Основным инструментом, который используется для выделения одного или нескольких объектов, является инструмент Selection (выде. Он размещен на панели инструментов Standard Tools ление) (см. с. 53). При выборе этого инструмента курсор на экране имеет также вид стрелки. Для выделения объекта или нескольких объектов имеется несколько способов. Во-первых, нажав левую кнопку мыши и не отпуская ее, нужно обвести объект или группу объектов на экране. При этом будет видна тонкая пунктирная линия, которая будет показывать границы прямоугольника, который Вы выделяете. После того, как Вы отпустите клавишу мыши, выделение будет закончено. Обратите внимание, что выделены только те объекты, которые хотя бы частично попали в область выделения, но не сама область. Этот способ выделения объектов можно условно назвать «выделением рамкой». На рисунке 95 приведен пример использования этого способа. Такой способ выделения удобен, когда необходимо выделить несколько объектов одновременно. а б
Рис. 95. Пример использования способа «выделение рамкой»: а – объекты, которые выделяют «рамкой»; б – объекты после выделения
105
Во-вторых, достаточно просто навести курсор мыши на объект, нажать левую кнопку мыши и он будет выделен. Если Вы хотите выделить нетекстовый объект, то нужно совместить указатель мыши с узловой точкой и нажать левую кнопку мыши (рис. 96). Объект будет выделен. Если при использовании этого способа Вам необходимо выделить несколько объектов, то при выделении каждого дополнительного объекта нужно удерживать клавишу Shift. а
б
Рис. 96. Пример использования способа «выделения через узловые точки»: а – объект с узловой точкой; б – объект после выделения После того как объект выделен, с ним можно проводить различные операции редактирования (см. раздел «Меню Edit», с. 39), выравнивания и взаимного расположения объектов (см. раздел «Меню Arrange», с. 67). С помощью мыши (нажав левую кнопку мыши и не отпуская ее) можно отбуксировать («перетащить») выделенный объект (или объекты) в новое место. Если при этом нажата клавиша Ctrl, то вместо перемещения объекта происходит создание его копии. Можно изменить масштаб выделенных объектов, нажав левую кнопку мыши на соответствующих маркерах, ограничивающих выделенный объект, и, не отпуская ее, переместить в нужное место. Если указатель мыши переместить на угловой маркер, то масштаб изображения изменится пропорционально, а если на промежуточные маркеры, то – не пропорционально (См. раздел «Scale», с. 70; рис. 58, с. 72).
Инструмент «Lasso» (лассо) Инструмент «Lasso» (лассо)
предназначен для выделения про-
извольной области или составных частей объектов. Он размещен на панели инструментов Standard Tools (см. с. 53). При однократном нажатии на левую кнопку мыши при использовании инструмента «Lasso», можно произвольно выделить участки молекулы или отдель106
ные графические элементы. Примеры его использования показаны на рисунке 97. Фактически, используя инструмент Lasso, Вы, как карандашом, очерчиваете область, которую следует выделить. Все элементы объектов, попавшие в эту область, становятся выделенными. Можно выделить несколько графических элементов в произвольном порядке. Для этого следует использовать инструмент Lasso с одновременным нажатием клавиши Shift.
графичеатом связь заместитель атом дуга ский объект Рис. 97. Примеры выделения отдельных элементов графических объектов с помощью инструмента «Lasso» Инструмент Lasso с одновременно нажатой клавишей Ctrl, то так же, как и инструмент Selection, выделяет прямоугольную область. После того как инструментом Lasso произвели нужное выделение, можно провести различные манипуляции с выбранными графическими элементами. Так же, как и в случае выделения инструментом Selection, это все операции редактирования и выравнивания и взаимного расположения графических элементов. Но при этом все эти действия происходят только с помеченными элементами. На рисунке 98 показан пример использования инструмента Lasso для изменения структуры. На рисунке 98а показана исходная структура бициклического соединения с одним маркированным атомом, а на рисунке 98б – модифицированная структура, в которой этот маркированный атом перемещен, а вместе с ним и его связи. При этом все остальные элементы исходной структуры остаются неизменными. Это перемещение можно проводить с помощью мыши, но для более точного позиционирования лучше всего использовать клавиши перемещения курсора («стрелки»). Модифицированная структура получилась несколько неправильной, так как передняя связь находится на заднем плане. Чтобы исправить эту ошибку, эту связь (рис. 98в) нужно маркировать с по-
107
мощью инструмента Lasso, а затем применить к ней команду Bring to Front (см. с. 68) (рис. 98г). Инструмент Lasso часто используют для обозначения химических элементов или функциональных групп в углеродном скелете, а также так называемые Hot Keys («горячие» клавиши). Общий список встроенных «горячих» клавиш приведен в разделе Edit Hot Keys (с. 90). Рассмотрим, как это делается. Например, нам надо создать структуру пиридина (рис. 99). Для эторисуем бензольное кольцо, а го с помощью инструмента Benzene затем, используя инструмент Lasso, помечаем нужный атом (рис. 99а). После этого на клавиатуре нажимаем клавишу N, и у нас получается пиридин (рис. 99б). б
а
в
г
Рис. 98. Пример использования инструмента «Lasso» а
б
Рис. 99. Пример создания структуры пиридина с использованием инструмента «Lasso» Другой пример. Для создания структуры диэтилового эфира мы ис. С его помощью мы создадим цепь из пользуем инструмент Chain пяти углеродных атомов, центральный атом пометим с помощью инструмента Lasso (рис. 100а). Нажав клавишу O, получим структуру диэтилового эфира (рис. 100б). И последний пример создания структуры анилина. Сначала мы должны нарисовать бензольное кольцо, используя инструмент Benzene , а затем с помощью инструмента Standard Bond присоединяем к нужному атому связь. Используя инструмент Lasso, помечаем атом в боковой цепи (рис. 101а), затем нажимая клавишу N, получаем структуру анилина (рис. 101б). 108
а
б
Рис. 100. Пример создания структуры диэтилового эфира с использованием инструмента «Lasso» а
б
Рис. 101. Пример создания структуры анилина с использованием инструмента «Lasso» Обратите внимание, что атом азота устанавливается вместе с атомами водорода, в соответствии с валентностью атома азота. Справедливости ради, следует заметить, что того же результата по созданию структуры анилина можно достичь быстрее. После того, как с помощью инструмента Standard Bond присоединили связь, нужно сразу же нажать клавишу N, и Вы получите структуру анилина. Рассмотренный выше пример является искусственным и иллюстрирует применение инструмента Lasso. С помощью инструмента Lasso можно изменить положение атома, связанного со структурой. Связанные атомы создаются инструментом Label
или с использованием «горячих» клавиш (см. выше раздел
Edit Hot Keys, с. 90). Для перемещения связанного атома, без перемещения связей и узловых точек, необходимо использовать инструмент Lasso с одновременно нажатой клавишей Alt. В этом случае произойдет перемещение только отдельно выделенной надписи. Несколько выделенных записей перемещать нельзя! На рисунке 102 приведен пример такого перемещения связанных атомов. В структуре анилина инструментом Lasso маркируют группу NH2 (рис. 101б), а затем, нажав клавишу ALT, с помощью мыши или стрелками на клавиатуре переместить выделенную группу в нужном направлении (рис. 102б). При таком перемещении, несмотря на то, что группа NH2 кажется далеко стоящей от связи и не связанной химиче109
ской связью. На самом деле эта группа является связанной. На рисунке 102а показано точно такое же перемещение, но без клавиши ALT. а)
б)
Рис. 102. Примеры перемещения связанных атомов: а – без использования клавиши ALT; б – с использование клавиши ALT Конечно, такое перемещение атомов, как показано на рисунке 102б, используется редко. В основном эта функция применяется в случаях, когда необходимо немного подкорректировать изображение, которое содержит ошибки выполнения программы ChemWindow.
Связи между атомами В программе ChemWindow предусмотрен разнообразный инструментарий для создания различных типов химических связей. Обзор типов химических связей приведен в разделе, в котором описана панель инструментов Bond Tools (с. 57). Для того чтобы нанести связь необходимо выбрать на панели инструментов Bond Tools (с. 57) или из контекстного меню, вызываемого правой кнопкой мыши (с. 103), нужный тип связи. Например, чтобы установить одинарную связь, нужно выбрать Standard Bond
. Что-
бы установить связь в нужном месте, нажмите левую кнопку мыши и держите ее нажатой. Вы можете повернуть эту связь в любом направлении так, как Вам удобно. Как только отпустите кнопку мыши, связь будет окончательно установлена, и чтобы изменить ее местоположение и угол наклона, следует воспользоваться инструментами Selection (с. 105) и Lasso (с. 106). Вы можете изменить тип данной связи, если возникла такая необходимость. Для этого нужно навести указатель мыши на связь так, чтобы она была помечена центральным маркером (рис. 103). Однократное нажатие на левую кнопку мыши приведет к тому, что связь
110
станет двойной, еще одно нажатие – тройной, еще один раз – снова одинарная. И так до бесконечности. Click
Click
Click
Click
и т.д.
Рис. 103. Пример использования Standard Bond (одинарная связь) Если на одинарную связь нажать один раз с нажатой клавишей Alt, это приведет к образованию двойной связи с одной укороченной связью, еще одно нажатие с удерживанием клавиши Alt – укороченная связь станет с другой стороны (рис. 104).
Alt+Click
Alt+Click
Рис. 104. Примеры использования Standard Bond (одинарная связь) с дополнительной клавишей Alt Чтобы увеличить углеродный скелет, нужно навести указатель мыши на тот конец связи, к которому Вы хотите добавить новую связь так, чтобы он был помечен маркером. Если Вы просто щелкните на этом маркере, то новая связь будет установлена под углом 120° относительно исходной. Следующий щелчок приведет к установке еще одной связи под углом 120°, и последний щелчок установит последнюю связь под углом 60° (рис. 105). Обратите внимание, что если Вы попытаетесь еще раз щелкнуть, то новая связь не будет установлена, так как будет превышена четырехвалентность углерода.
Click
Click
Click
Рис. 105. Пример построения углеродного скелета с фиксированным углом использованием Standard Bond (одинарная связь) Но Вы можете установить связь под любым углом, если воспользуетесь способом предложенным выше. А именно, навести указатель 111
мыши на тот конец связи, к которому Вы хотите добавить новую связь, так, чтобы он был помечен маркером. Нажмите левую кнопку мыши и, не отпуская ее, переместите указатель мыши так, чтобы новая связь была под нужным углом. После этого отпустите кнопку мыши и связь будет установлена (рис. 106).
Рис. 106. Пример построения углеродного скелета под произвольным углом с использованием Standard Bond (одинарная связь) По умолчанию при использовании такого способа угол, который Вы выбираете, является кратным 15°. Чтобы отключить эту функцию и установить связь под любым углом, следует использовать клавишу Ctrl. Для этого необходимо нажать клавишу Ctrl и только после этого нажать левую кнопку мыши. Когда захотите зафиксировать связь, отпустите сначала кнопку мыши, а затем клавишу Ctrl. В противном случае угол будет кратным 15°. По умолчанию каждая связь имеет фиксированную длину, которая определяется параметрами стиля (см. раздел Override Style, с. 43). Но Вы можете рисовать связи произвольной длины, используя клавишу Shift. Для этого нажмите клавишу Shift и левую кнопку мыши, чтобы установить связь в нужном месте. Пока Вы не отпустили левую кнопку мыши и клавишу Shift и держите их нажатыми, можете не только повернуть эту связь в любом направлении, но и увеличить ее длину до нужного размера. Как только отпустите кнопку мыши, а затем клавишу Shift, связь будет окончательно установлена (рис. 107). Обратите внимание, что сначала надо отпустить кнопку мыши! Если в первую очередь отпустите клавишу Shift, то связь приобретет исходный размер!
Рис. 107. Пример построения углеродного скелета под произвольным углом и длиной связи с использованием Standard Bond (одинарная связь) и клавиши Shift 112
Связь может быть увеличена и автоматически (без использования клавиши Shift). Рассмотрим как это происходит. Например, нам надо нарисовать структуру бицикло[2,2,1]гептана. При этом некоторые связи в этой структуре имеют нестандартный размер. На рисунке 108а приведен фрагмент структуры, где показана стандартная связь, длина которой недостаточна для соединения с необходимым атомом. Чтобы связь была удлинена автоматически, нужно при ее рисовании совместить указатель мыши с атомом, с которым эта связь должна быть присоединена так, чтобы этот атом был помечен маркером (рис. 108б) и только после этого отпустить кнопку мыши. Связь будет автоматически увеличена до нужного размера. а б
стандартная связь
Рис. 108. Пример автоматического увеличения связей Другие типы связей, которые позволяет использовать программа ChemWindow (с. 57) могут применяться самостоятельно или совместно с другими типами связей. Так, например, чтобы поставить Wedge Bond (стереохимическую сплошную связь)
, нужно выбрать этот
инструмент и щелкнуть в нужном месте экрана. Все вышеописанные правила обращения со связями действуют и на все остальные типы связей. Однако есть несколько особенностей. Например, Вы поставили такую связь (рис. 109а). Если наведете на эту связь указатель мыши так, чтобы эта связь стала помеченной маркером, и нажмете левую кнопку мыши, то связь изменит свое направление (рис. 109б). Это относится и ко всем другим типам связей, которые могут иметь различное начертание. Если навести указатель мыши на связь так, чтобы она была помечена маркером, нажать левую кнопку мыши и, не отпуская ее, провести вертикальное или горизонтальное перемещение курсора, то можно изменить параметры данной связи, например, длину штриха, расстояние между штрихами и т.д. Типы подобных изменений приведены в таблице 3. 113
Таблица 3. Изменения параметров связей при их редактировании Связь
при нажатии левой кнопки мыши (Click)
Изменения при движении курсора в вертикальном нагоризонтальном правлении направлении шаг пробела длина штриха
нет
→
→ толщина линии
нет
нет → шаг пробела
ширина штриха
нет → нет
или
→ угол расширения →
шаг штрихов
длина штриха
или → нет
или
→ угол расширения →
нет
амплитуда волны →
длина волны → расстояние между связями
нет
нет → длина укороченной связи
расстояние между связями
или →
114
→
Продолжение таблицы 3 Связь
при нажатии левой кнопки мыши (Click)
Изменения при движении курсора в вертикальном нагоризонтальном правлении направлении расстояние между длина штриха связями
или →
→ ширина утолщенной связи
расстояние между связями или →
→
выравнивание связей
расстояние между связями
нет →
нет
→ расстояние между связями
нет
→
а)
б)
Рис. 109. Пример стереохимической сплошной связи (Wedge Bond) Все параметры, которые можно изменить при единичной корректировке каждой связи, можно также изменить в настройках стиля (см. раздел Override Style, С. 43) и зафиксировать эти изменения для всех подобных связей в документе. А рассмотренный выше способ хорош только для корректировки отдельных связей. В уже заранее созданной химической структуре всегда можно изменить начертание любой химической связи. Для этого надо предварительно выбрать нужный тип связи, навести курсор на химическую связь так, чтобы ее центр был помечен маркером, и нажать левую 115
кнопку мыши. Связь будет изменена. Например, из обычной структуры циклопентана Вам надо сделать структуру с перспективным отображением связей. Для этого нужно выбрать инструмент Bold Bond и навести его на нужную связь так, чтобы она (утолщенная связь) «захватилась» маркером (рис. 110а), и нажать левую кнопку мыши. Вместо обычной одинарной связи на схеме будет толстая связь (рис. 110б). Далее нужно выбирать инструмент Wedge Bond (клиновидная , навести курсор мыши на нужную связь так, чтобы она была связь) помечена маркером, нажать левую кнопку мыши и вместо обычной одинарной связи на схеме будет клиновидная связь (рис. 110в). Если эта связь направлена не в ту сторону, то можно изменить ее направление, наведя курсор мыши на эту связь и нажав левую кнопку мыши (рис. 110г). Подобные операции можно проводить и с другими типами химических связей. а
б
г
в
Рис. 110. Пример изменения начертания химических связей Для создания цепочек многократно повторяющихся связей удобен инструмент Chain (см. раздел Other Tools, С. 60). С его помощью можно создавать различные сложные скелеты, состоящие не только из углеродных атомов. Для построения углеродного скелета необходимо выбрать инструмент Chain . В нужном месте рабочего поля нажать левую кнопку мыши и, удерживая ее, переместить указатель мыши в нужном направлении так, пока не получится скелет необходимой величины. Для облегчения работы при рисовании структуры рядом с концом скелета появляется цифра, показывающая количество атомов в цепи (рис. 110а). Использование инструмента Chain возможно совместно с кла116
вишами Ctrl и Shift. Результат их использования аналогичен тому, который получается при использовании других типов химических связей (см. с. 112). Если при построении цепи удерживать клавишу Alt, то в результате получится цепочка с сопряженными двойными связями (рис. 110б). Причем двойная связь будет укороченная. На рисунке 112 приведен пример структуры β-каротина, при создании которой использовался инструмент Chain. б
а
Рис. 111. Пример использования инструмента Chain
H3C
CH3
CH3
H3C
CH3
CH3
CH3
CH3
H3C
CH3
β-Каротин
Рис. 112. Структура β-каротина
Стрелки направления химических реакций В программе ChemWindow предусмотрен разнообразный набор инструментов, с помощью которых можно отобразить направление протекающих химических реакций, а также равновесие между резонансными структурами. Перечень возможных стрелок представлен на панели инструментов Reaction Tools (см. с. 61). Для активации той или иной стрелки можно воспользоваться панелью инструментов Reaction Tools или меню, вызываемого правой кнопкой мыши (см. с. 103). Для того чтобы нарисовать, например, стрелку, указывающую направление , нужно активировать этот инструмент любым реакции Reaction 117
удобным способом и переместить курсор в нужное место рабочего документа и нажать левую кнопку мыши для установки стрелки (рис. 113а). Если необходимо изменить направление стрелки, то нужно навести указатель мыши на центр стрелки так, чтобы он был «захвачен» маркером (рис. 113б) и нажать левую кнопку мыши. Стрелка изменит свое направление (рис. 113в). а
в
б
Рис. 113. Пример использования инструмента Reaction Все особенности, которые были описаны при рисовании связей, справедливы и для создания стрелок (см. предыдущий раздел). Это использование клавиш Shift, Ctrl и другие особенности. Все стрелки и связи взаимозаменяемы, т.е. Вы можете изменить любую связь или стрелку, предварительно выбрав нужный инструмент. Например, чтобы в хлорметане (рис. 114а) показать отрицательный индуктивный эффект атома хлора, , навести указатель мыши на центр связи нужно выбрать инструмент CH3—Cl так, чтобы он был «захвачен» маркером (рис. 114б) и нажать левую кнопку мыши. Вместо связи будет стрелка (рис. 114в). Каждая стрелка имеет концевые точки связывания. С помощью этих точек можно связывать стрелки с другими стрелками или графическими элементами. Также на этих концевых точках можно с помо(с использованием горячих клавиш) и
щью инструментов Lasso Label
обозначить заместители.
Для некоторых стрелок можно изменить параметры их начертания. Для этого нужно навести указатель мыши на связь, так чтобы она была помечена маркером, нажать левую кнопку мыши и, не отпуская ее, провести вертикальное или горизонтальное перемещение курсора. При этом параметры данной стрелки будут изменены. Возможные варианты приведены в таблице 4. а CH3
Cl
в CH3
б
Рис. 114. Пример взаимозаменяемости связей и стрелок
118
Cl
Таблица 4. Изменения параметров стрелок при их редактировании Связь
при нажатии левой кнопки мыши (Click)
Изменения при движении курсора в вертикальном горизонтальном направлении направлении длина штриха
или
или
нет
→ расстояние между стрелками
нет
→
или
расстояние между линиями в стрелке
нет
→
Для создания стрелок направления реакции под различными углами в ChemWindow предусмотрен инструмент Angled Reaction Arrow . После активации этого инструмента переместить указатель мыши в нужное место на рабочем поле и нажать левую кнопку мыши. Не отпуская ее, перемещать мышку по вертикали и горизонтали таким образом, чтобы получить желаемый размер стрелки (рис. 115а). Первоначально линии в угловой стрелке располагаются под углом 90° (рис. 115а). Чтобы изменить угол и направление стрелки, выбрать одну из трех узловых точек (начало стрелки, точка перегиба и конец стрелки) и переместить в нужном направлении. При этом Вы получите угловую стрелку с заданным углом наклона (рис. 115б).
а)
б)
Рис. 115. Пример угловых стрелок
119
Окружности, эллипсы, дуги, круговые стрелки, произвольные линии Для создания окружностей, эллипсов, дуг, стрелок в ChemWindow предусмотрены два специализированных инструмента Circle, Arc, и Dashed Circle, Arc, Oval . Эти инструменты размещеOval ны на панели Graphic Tools (см. с. 58) Отличие этих двух инструментов состоит только в том, что при помощи первого инструмента объект отображается сплошной линией, а при помощи второго – пунктирной. В остальном они полностью идентичны. Для того чтобы нарисовать окружность, необходимо выбрать соот, и, выбрав нужное место на ветствующий инструмент, например рабочем поле, нажать левую кнопку мыши, не отпуская ее, переместить указатель мыши в нужном направлении. Как только Вы отпустите кнопку мыши, то на экране останется окружность правильной формы (рис. 116а). Если будете использовать этот инструмент при одновременно нажатой клавишей Shift, то получите эллипс (рис. 116б).
б
а
Рис. 116. Пример использования инструмента Circle, Arc, Oval для создания окружности Для того чтобы создать круговую (или овальную) стрелку необходимо поместить курсор внутрь нарисованной окружности (рис. 117а), нажать левую кнопку мыши и переместить курсор вдоль нарисованной окружности так, чтобы получить круговую стрелку нужного размера (рис. 117б). Как только отпустите левую кнопку мыши, стрелка будет установлена.
120
а
б
Рис. 117. Пример использования инструмента Circle, Arc, Oval для создания стрелок Если Вы хотите изменить размер стрелки, то должны навести указатель мыши на начало или конец стрелки, так, чтобы он был помечен маркером, нажать левую кнопку мыши и, не отпуская ее, переместить указатель мыши в нужном направлении. Например, на рисунке 117б показано исходное изображение, а на рисунке 118а – конечное. Вы можете также изменить тип стрелки или место этой стрелки. Например, если Вы наведете указатель мыши на начало стрелки так, чтобы он был помечен маркером, и щелкните левой кнопкой мыши, то получите на этом месте новую стрелку (рис. 118б). Если щелкнуть еще раз, то стрелка будет только с одной стороны (рис. 118в), щелкнуть еще раз – с другой (рис. 118г), еще раз – исчезнет совсем (рис. 118д).
а
б
в
г
д
Рис. 118. Пример использования инструмента Circle, Arc, Oval для изменения начертания стрелок Таким образом, чтобы создать дугу без стрелок, нужно несколько раз нажать на конец стрелки пока, она не исчезнет. С помощью описанных выше инструментов можно создавать лишь круговые или овальные стрелки. Однако в ChemWindow предусмотреElectron Arrow , коны два инструмента Mechanistic Arrow торые позволяют нарисовать кривую практически любой формы. Часто их называют кривыми Безье. Такая кривая имеет четыре узловые точки, буксируя которые, Вы можете создать кривую практически любого вида. Эти точки находятся в начале, в конце и две в середине 121
стрелки (рис. 119а). Нажимая на эти ключевые точки и буксируя в нужном направлении, можно построить самые разнообразные кривые, как показано в примерах на рисунке 119 (б–г). Так же, как и в случае предыдущих инструментов, можно изменить начертание стрелок или вообще их убрать (рис. 119д). Electron Arrow отличаИнструменты Mechanistic Arrow ются только формой стрелок. Во всем остальном они полностью идентичны.
а
б
г
в
д
Рис. 119. Пример создания кривых Безье На рисунке 120 приведен пример использования инструмента Mechanistic Arrow для рисования стрелок, обозначающих электронные эффекты в молекуле фенола.
OH
Рис. 120. Пример создания кривых Безье Для того чтобы нарисовать произвольную линию, полезно использовать инструмент Shape Tool (см. с. 59). С помощью этого инструмента можно нарисовать практически любую кривую. Для этого необходимо выбрать инструмент в меню, переместить указатель мыши в нужное место экрана, нажать левую кнопку мыши и переместить указатель мыши в нужном направлении. На экране появится кривая с несколькими ключевыми точками (рис. 121а).
122
а
б
Рис. 121. Пример использования инструмента Shape Tool Если Вы переместите указатель мыши в новое место и нажмете левую кнопку мыши, появится новый элемент с еще одним набором ключевых точек (рис. 121б). Если выберете новый инструмент, наборы ключевых точек исчезнут и останется одна кривая (рис. 122а). а
б
Рис. 122. Пример использования инструмента Shape Tool Если необходимо провести редактирование данной кривой, то нужно выбрать инструмент Shape Editing Tool и с его помощью выделить кривую. При этом появятся ключевые точки, как на рисунке 121б. Перемещая эти точки, Вы можете изменить форму кривой. Например, на рисунке 122б показана измененная кривая (рис. 122а) с помощью инструмента
.
123
Циклы В программе ChemWindow предусмотрена возможность создания самых разных циклов. Возможные циклические структуры приведены в разделах, в которых описаны панели инструментов Standard Tools (с. 53), Other Tools (с. 60) и Template Tools (с. 62). Это алициклические структуры от трехчленного до восьмичленного цикла (
,
,
, , , , , , , , , ). Причем ряд структур имеют несколько вариантов начертания. Например, пятичленные и шестичленные циклы – по 4 варианта. Ароматические циклы представлены двумя вариантами бензольного кольца: – , . Изображения циклов создаются обычным образом. Выбираем нужный инструмент, перемещаем указатель мыши в нужное место на рабочем поле и нажимаем левую кнопку мыши. Пока удерживается кнопка мыши, можно, перемещая мышь, вращать кольцо в нужном направлении. Это вращение осуществляется на угол кратный 15°. Если одновременно нажать клавишу CTRL, то Вы можете провести плавное вращение на любой угол. При нажатой клавише SHIFT можно изменить размер цикла. Если при создании циклов использовать клавишу ALT, то возможно создание альтернативных структур с другими вариантами изображения связей. Варианты создания таких структур с использованием клавиши ALT приведены в таблице 5. В любой цикл можно вставить кольцо (такое, как в ароматической формуле бензола)
. Для этого нужно выбрать инструмент
Cir-
cle Benzene и переместить указатель мыши в центр предварительно нарисованного цикла. Щелкнуть левой кнопкой мыши, и кольцо будет в цикле (рис. 123). При создании структур, содержащих несколько циклов, возможны несколько вариантов. В случае если нужно создать структуру, содержащую циклы, имеющих два и более общих атомов, необходимо нарисовать нужный цикл, затем выбрать нужную связь (рис. 124а) и щелкнуть левой кнопкой мыши. Появится структура с двумя циклами, содержащими два общих атома (рис. 124б). 124
Таблица 5. Варианты начертания некоторых циклических структур с использованием и без использования клавиши ALT Инструмент
Вариант начертания цикла без использования клас использованием клавиши ALT виши ALT
Cyclopropane Cyclobutane
Cyclopentane
Cyclopentane
Cyclohexane
Circle Benzene
Рис. 123. Пример использования создания кольца внутри цикла
125
б
а
Рис. 124. Пример создания структур, содержащих два общих атома Аналогично происходит создание и более сложных структур. Например, на рисунке 125 приведен пример структуры пирена, которая состоит из четырех сочлененных бензольных колец. Обратите внимание, что двойные связи в бензольном кольце будут поставлены автоматически, согласно четырехвалентности атома углерода.
Рис. 125. Пример создания структуры пирена При создании структуры, в которой кольца имеют один общий атом (например, спироалканы), необходимо выбрать нужный инструмент (в нашем случае
), навести курсор мыши на атом в предвари-
тельно нарисованном кольце так, чтобы он был помечен маркером (рис. 126а). Нажать левую кнопку мыши и, не отпуская ее, повернуть кольцо так, чтобы новое кольцо заняло нужную позицию. Только после этого следует отпустить левую кнопку мыши (рис. 126б). А если на один из атомов бензольного кольца навести курсор мыши так, чтобы он был помечен маркером (рис. 127а), и щелкнуть левой кнопкой мыши, то новое бензольное кольцо будет связано простой связью (рис. 127б) и получится структура бифенила. б
а
Рис. 126. Пример создания структуры спиро[2,4]гептана 126
б)
а)
Рис. 127. Пример создания структуры бифенила
Текстовые возможности В программе ChemWindow пользователю предлагаются достаточно широкие возможности при работе с текстом. Однако следует различать текст, который имеет «химический смысл» (функциональные группы, брутто-формулы, текст в структурных формулах и т.д.), и текст подписей к структурам, заголовки к рисункам и т.д. Дело в том, что правильность текста, который имеет «химический смысл», проверяется Check Chemistry (проверка химии) (с. 83), а обычный текст – Check Spelling (проверка правописания) (с. 94). Для набора этих видов текста в программе ChemWindow предусмотрены два инструмента: Label (этикетка) и Caption
(заголовок). Инструмент Label нахо-
дится на панели инструментов Standard Tools (см. с. 53), а инструмент Caption – Graphic Tools (см. с. 58).
Инструмент Label Инструмент Label
(этикетка) предназначен для набора хими-
ческих структур, формул, функциональных групп. Некоторые возможности использования этого инструмента были описаны ранее при изучении инструмента Lasso(см. С. 106). Рассмотрим основные приемы работы с данным инструментом. Как уже отмечалось ранее, каждый символ, набранный с использованием инструмента Label, имеет химический смысл и обладает всеми свойствами узловой точки с возможностью ее использования для присоединении связей. Тип связей между атомами можно изменять. Ис-
127
пользовать инструмент Label можно как сам по себе, так и с помощью него редактировать созданные ранее структуры. Разберем несколько примеров. 1. Создание структуры 3-метилпиридина Для того чтобы нарисовать структуру 3-метилпиридина, сначала, используя инструмент Benzene
, нужно нарисовать бензольное
кольцо. Затем выбрать инструмент Label
и навести его на тот
атом бензольного кольца, где необходимо поставить атом азота. При этом данный атом должен быть помечен черным маркером (рис. 128а). После этого нужно однократно нажать левую кнопку мыши, чтобы редактировать выбранный атом. В месте редактирования будет мигать курсор (рис. 128б). Следует нажать клавишу N, и у Вас получится пиридин (рис. 128в). Далее нужно поместить указатель мыши на третий углеродный атом пиридина так, чтобы он тоже был помечен черным маркером. После этого нажать левую кнопку мыши и, не отпуская ее, перевести манипулятор «мышь» в сторону, пока образовавшаяся связь не займет нужное положение. Только после этого можно отпустить левую кнопку мыши. На конце связи будет мигать курсор (рис. 128г). На клавиатуре нужно набрать CH3. Обратите внимание, что цифра «3», автоматически будет превращена в нижний индекс, так как включен режим набора формул (утоплена клавиша
на панели Style Bar). В
результате получится 3-метилпиридин (рис. 128д). Для инструмента Label режим набора формул установлен по умолчанию. Его можно отключить, и тогда цифра «3» будет обычного начертания. Все установки (шрифт, его начертание, размер и т.д.) определяются параметрами выбранного стили, которые легко изменяются, командой Override Style (см. с. 43). а
в
б L-clik
L-clik and Drag
N
CH3
"CH3" N
N
д
г
N
Рис. 128. Пример создания структуры N-метилпиридина (в рамках показано использование клавиш или манипулятора «мышь»)
128
В ChemWindow можно изменить расстояние между символами (кернинг символов). Для чего следует, используя инструмент Label, войти в режим редактирования. Чтобы уменьшить расстояние между символами, нужно нажать клавиши CTRL+стрелка влево, а увеличить расстояние между символами можно нажатием клавиши CTRL+стрелка вправо. Это воздействие распространяется на буквы, между которыми находится курсор. Если выделить текст, то использование этих комбинаций клавиш будет распространяться на весь выделенный текст. Например, на рисунке 129 приведены примеры использования этой возможности программы ChemWindow. Обратите внимание! Выделение текста необходимо проводить только находясь в режиме редактирования, активированном инструментом Label, но не при использовании инструмента Selection. а
б
Исходное изображение
После использования CTRL+стрелка влево
Исходное изображение
SO42–
SO42–
C2H5OH
После использования CTRL+стре– лка вправо
C
2
H
5
O H
После использования CTRL+стре– лка влево
C2H5OH
Рис. 129. Примеры использования клавиш CTRL+стрелка влево и CTRL+стрелка вправо для изменения кернинга символов 2. Создание структуры валериановой (пентановой) кислоты Создание структуры валериановой кислоты можно осуществить несколькими способами, в зависимости от того, как Вы хотите видеть данную структуру. Способ 1. Удобным для Вас методом активируйте инструмент Chain (см. раздел Other Tools, с. 60). На свободном рабочем поле нажмите левую кнопку мыши и, не отпуская ее, переместите указатель мыши в сторону, пока цифра, указывающая количество атомов в цепи, не будет равна шести. После этого отпустите кнопку мыши. Будет создана углеводородная цепь из шести атомов углерода (рис. 130а). Активируете инструмент Standard Bond
. Подведите указатель мыши ко второму 129
атому углерода так, чтобы он стал помечен черным маркером. Нажмите левую кнопку мыши и, не отпуская ее, переместите указатель мыши в нужном направлении, пока связь не займет нужное положение (рис. 130б). Можно поступить по-другому. После того, как Вы подвели указатель мыши к нужному атому, щелкните левой кнопкой мыши, и связь сама займет нужное положение (согласно строению sp3-углеродного атома). Результат будет тот же (рис. 130б). Нажмите клавишу с буквой «O». На конце связи появится группа «OH». Если нажать клавишу с буквой «O» еще раз, то появится группа «O» (рис. 130в). Наведите указатель мыши на связь C–O так, чтобы она была помечена черным маркером, и щелкните левой кнопкой мыши. Связь станет двойной. Выберите инструмент Label, подведите указатель мыши к атому, где должна быть гидроксильная группа, так, чтобы он стал помечен черным маркером, и нажмите левую кнопку мыши. На конце связи будет мигать курсор. Наберите на клавиатуре «OH». В результате у Вас получится валериановая кислота (рис. 130г). Если Вас не устаивает вышеприведенная структура валериановой кислоты (скелетная модель), то ее легко можно перевести в рацио, нальную формулу. Для этого, используя инструмент Selection выделите полученную структуру (рис. 130г) и примените команду Make Labeled Structure из меню Other. В результате получится рациональная формула, приведенная на рисунке 131.
а
б
6
O
O г
в
Рис. 130. Пример создания структуры валериановой кислоты
130
OH
Рис. 131. Рациональная формула валериановой кислоты, полученная из структурной (рис. 130г) с использованием команды Make Labeled Structure
CH3(CH2)3COOH
Способ 2. Приведенную выше структуру валериановой кислоты можно создать, используя только инструмент Label. Активируйте любым удобным Вам способом инструмент Label
. Переместите ука-
затель мыши в нужное место рабочего поля программы ChemWindow и щелкните левой кнопкой мыши. В данном месте будет мигать курсор. Вы можете набрать на клавиатуре желаемую функциональную группу или рациональную формулу целиком, как, например, изображено на рисунке 131. Можно набрать структурную формулу валериановой кислоты следующим образом. Переместите указатель мыши в нужно место рабочего поля программы ChemWindow и щелкните левой кнопкой мыши. На клавиатуре наберите группу «CH3». После этого переместите указатель мыши в любое свободное место и щелкните левой кнопкой мыши. Эта операция проводится для того, чтобы дезактивировать режим набора группы «CH3». После этого наведите указатель мыши на группу «CH3» так, чтобы крайний символ был помечен черным маркером (ключевая точка). После этого нажмите левую кнопку мыши и, не отпуская ее, переместите указатель мыши в нужном направлении. Только после того, как образовавшаяся связь займет нужное положение, отпустите кнопку мыши. Связь будет зафиксирована и на ее конце будет мигать курсор. В этом месте наберите на клавиатуре «CH2». Описанные выше операции повторите необходимое число раз, пока не получится структура, показанная на рисунке 132б. Для того чтобы связь «C–O» сделать двойной, нужно навести указатель мыши на связь «C–O» так, чтобы она была помечена черным маркером (связь, но не атом!) и щелкнуть один раз левой кнопкой мыши. Связь станет двойной (рис. 132в). Если еще раз щелкнуть левой кнопкой мыши, то, как было описано ранее, связь станет тройной, еще раз – одинарной, и так по кругу.
131
а
CH3CH2CH2CH2COOH
в
O CH3 CH2 CH2 CH2 C
OH
б
O CH3 CH2 CH2 CH2 C
OH
Рис. 132. Примеры набора формул валериановой кислоты с использованием инструмента Label
Обратите внимание, что если Вы нажмете левую кнопку мыши, когда маркер будет находиться на каком-то атоме, то перейдете в режим редактирования данной функциональной группы, что позволяет ее изменить или исправить какую-то ошибку. Например, если Вы наведете курсор мыши на группу «OH» и щелкнете левой кнопкой мыши, то курсор будет мигать в режиме редактирования этой группы. Используя клавиши редактирования, удалите группу «OH» и наберите на клавиатуре группу «NH2». В результате Вы получите амид валериановой кислоты (рис. 133).
O CH3 CH2 CH2 CH2 C
NH2
Рис. 133. Пример использования инструмента Label при наборе формулы амида валериановой кислоты
3. Создание структуры пиррола При создании структуры пиррола можно использовать еще одну возможность инструмента Label, которая позволяет набирать текст формул в несколько строк. Для этого, используя инструменты Cyclopentane
и Inside Double Bond
, создается структура
циклопентадиена-1,3 (рис. 134а). Затем нужно активировать инструмент Label. Навести указатель мыши на нужный атом в кольце так чтобы он был помечен черным маркером, и щелкнуть левой кнопкой мыши, чтобы войти в режим редактирования. На клавиатуре набрать «N», нажать клавишу ENTER и набрать «H». В результате получится структура пиррола (рис. 134б).
132
б
а
N H
Рис. 134. Пример использования инструмента Label при наборе формулы пиррола В принципе при использовании инструмента Label можно создать столько строк, сколько нужно. Их количество ограничено только размером видимой рабочей области. 4. Создание структуры N-метиланилина Часто при создании различных структур сложных органических соединений требуется различное расположение функциональных групп. Разберем подобную задачу на более простом примере – структуре Nметиланилина. В первую очередь описанными ранее методами с помощью инструBenzene создаем бензольное кольцо. Затем активируем инстмента румент Label и с его помощью создаем группу NHCH3. В результате получится молекула N-метиланилина (рис. 135а). Но если нам надо, чтобы NHCH3-группа была повернута в другую сторону, то в этом случае после активации инструмента Label нужно набрать не последовательность атомов NHCH3, а написать их в обратном порядке H3CHN (рис. 135б). Но данная формула не соответствует структуре Nметиланилина. Для того чтобы сделать ее правильной, нужно, находясь в режиме редактирования (активирован инструмент Label), найти на панели Style Bar инструмент Right Text Alignment
и активировать
его. В результате текст будет выровнен по правому краю и структура Nметиланилина будет изображена правильно (рис. 135в). Если последовательность атомов в заместителе записать как СH3NH, то, как ни вырав) (рис. нивай заместитель: по левому краю (Left Text Alignment 135г), по правому краю (рис. 135д) или по центру (инструмент Center Text Alignment
) (рис. 135е), структура все равно не будет соответ-
ствовать истинной. Для того чтобы ее сделать правильной (атом азота 133
должен быть связан с атомом углерода бензольного кольца), нужно активировать инструмент Lasso, выделить группу СH3NH (рис. 135ж) и одновременно удерживая левую кнопку мыши и клавишу ALT, переместить эту группу в нужном направлении. После чего отпускается сначала кнопка мыши, а затем клавиша ALT (но не наоборот!) (рис. 135). Перемещение можно также осуществлять с помощью клавиши перемещения курсора на клавиатуре, но одновременно обязательно следует удерживать клавишу ALT. При этом перемещение можно осуществить даже более точнее, чем при использовании мыши. Не следует удалять текст, который был создан с помощью инструмента Label, в режиме редактирования. В этом случае на рабочем поле сохраняется пустой объект, который не поддается редактированию. Поэтому для удаления такого текст пользуйтесь инструментами выделения. Таким образом, инструмент Label обладает широкими возможностями для создания и редактирования химических структур.
NHCH3
H3CHN б
а
в
CH3NH г
H3CHN
CH3NH д
CH3NH е
CH3NH ж
Рис. 135. Примеры создания различных структур N-метиланилина
з
134
Инструмент Caption Инструмент Caption (заголовок) предназначен для набора текста, который не будет содержать связей с атомами и не имеет химического смысла, т.е. для набора подписей к структурам, создания заголовков, различного текста, который носит информационный характер. Параметры инструмента Caption (шрифтовое оформление, начертание, размер шрифта и т.д.) определяются в установках стилей (см. с. 43). Например, нам нужно подписать ранее подготовленную формулу валериановой кислоты. Активируем инструмент Caption. Перемещаем в нужное место указатель мыши и щелкаем левой кнопкой мыши. В этом месте начинает мигать курсор. На клавиатуре набираем «валериановая кислота». В результате получаем структурную формулу с подписью (рис. 136а). Если после активации инструмента Caption нажать левую кнопку мыши и, не отпуская ее, переместить указатель мыши в сторону, то будет создана рамка, внутри которой будет мигать курсор. В результате можно будет создать надпись в рамке (рис. 136б) При наборе текста в рамке, она не обладает свойством автоматически увеличивать или уменьшать свой размер в зависимости от количества введенного текста. Если рамка значительно больше набранного текста, то останется свободное место, если меньше – то часть текста не будет видно. Для увеличения и уменьшения размера рамки используйте инструмент Selection (см. с. 105). С помощью инструмента Caption Вы можете примненять все описанные ранее функции работы с текстом: изменение начертания шрифта, размер шрифта, надстрочные и подстрочные символы; выравнивание текста по левому, по правому краю и по центру; изменение кернинга символов и т.д. Все эти возможности активируются на панели Style Bar (см. с. 63). а
O
O
б
OH
OH
валериановая кислота
валериановая кислота
Рис. 136. Примеры использования инструмента Caption 135
Так же, как и при работе с инструментом Label, Вы можете набирать текст в несколько строк, использовать клавиши CTRL+стрелка влево и CTRL+стрелка вправо для изменения кернинга символов. При создании подписей к структурам часто возникает необходимость использования символов греческого алфавита в тексте. Отдельной функции для написания таких символов при наборе текста в программе ChemWindow не предусмотрено. Поэтому, чтобы решить эту задачу, можно рекомендовать следующий прием. Например, в подписи к структуре нам нужно написать «3β, 6βэпидиокси-5α-андростан». Для этого нужно активировать инструмент Caption, переместить указатель мыши в нужное место рабочего поля программы ChemWindow и щелкнуть левой кнопкой мыши, чтобы войти в режим редактирования. Затем нужно на панели инструментов Style Bar (см. с. 63) войти в раздел Font и выбрать шрифт Symbol. В этом шрифте размещены символы греческого алфавита. Набор символов греческого алфавита следует осуществлять в английской раскладке клавиатуры. Последовательно нажимаем клавиши «3», «b», «,», «ПРОБЕЛ », «6», «b». В результате должно получиться «3β, 6β». Затем нужно вернуть исходный шрифт, выбрав его в разделе Font на панели инструментов Style Bar, например, Times New Roman Cyr, и продолжить набор текста в обычном режиме, не забыв переключиться на русскую раскладку клавиатуры. Когда понадобится набрать символ «α», нужно повторить вышеописанное: на панели инструментов Style Bar войти в раздел Font и выбрать шрифт Symbol; переключиться на английскую раскладку клавиатуры; нажать клавишу «a» и т.д. Основанная проблема при использовании шрифта Symbol – это необходимость знания, какой клавише в английской раскладке клавиатуры соответствует символ греческого алфавита. Чтобы облегчить эту задачу, в таблице 6 приведено соответствие символов греческого алфавита клавишам в английской раскладке клавиатуры в строчном и прописном начертании. Часто возникает необходимость использования некоторых специальных символов, которых нет на клавиатуре. Их набор можно осуществить следующим способом. Нажать клавишу ALT и, не отпуская ее, набрать на цифровой (правой) клавиатуре код требуемого символа. NumLock при этом должен быть включен. Соответствие некоторых символов специальным кодам приведено в таблице 7.
136
Таблица 6. Соответствие символов греческого алфавита клавишам клавиатуры в английской раскладке Клавиша клавиатуры aA bB cC dD eE fF gG hH iI jJ kK lL mM
Символ греческого алфавита αΑ βΒ χΧ δ∆ εΕ φΦ γΓ ηΗ ιΙ ϕϑ κΚ λΛ µΜ
Клавиша клавиатуры nN oO pP qQ rR sS tT uU vV wW xX yY zZ
Символ греческого алфавита νΝ οΟ πΠ θΘ ρΡ σΣ τΤ υΥ ϖς ωΩ ξΞ ψΨ ζΖ
Таблица 7. Коды некоторых специальных символов Символ © ® °
Код 0169 0174 0176
Символ – — ‰
Код 0150 0151 0137
Внимание! Текст, подготовленный с помощью инструмента Caption, должен редактироваться только инструментом Caption, а текст, созданный с помощью инструмента Label, должен изменяться инструментом Label. В противном случае Вы не сможете изменить текст.
Инструмент Eraser Инструмент Eraser (ластик)
предназначен для удаления от-
дельных графических объектов. Данный инструмент находится на панели Other Tools (см. с. 60) При активации этого инструмента курсор приобретает форму квадрата . Для удаления какого-то графического 137
объекта необходимо активировать инструмент Eraser удобным Вам способом, навести указатель мыши на объект, который Вы хотите удалить (связь, линия, стрелка, функциональная группа, текст и т.д.), так, чтобы он был помечен черным маркером, и щелкните левой кнопкой мыши. Этот объект будет удален. При этом вместе с ним будут удалены и объекты, которые связаны с ним через узловую точку, в пределах одной конечной узловой точки. При нажатии на центральную узловую точку (стрелка, связь) удаляется только этот графический объект со связанными с его концами надписями. Для удаления цикла необходимо нажать на узловую точку, которая находится в центре цикла. Все вышесказанное хорошо видно на примерах, приведенных в таблице 8. Таблица 8. Примеры использования инструмента Eraser До использования инструмента Eraser
После использования инструмента Eraser
CH3
138
Если при использовании инструмента Eraser удерживать клавишу CTRL, то какую бы узловую точку Вы ни удаляли – будет удалена вся структура, связанная с узловой точкой. Инструмент Eraser дублирует инструменты Selection и Lasso в сочетании с клавишей DEL (см. с. 105).
Другие графические возможности Создание таблиц В программе ChemWindow предусмотрена возможность создания таблиц. Для этого предназначен инструмент Table Tool
из пане-
ли инструментов Graphic Tools (см. с. 58). Для создания таблицы нужно активировать этот инструмент удобным Вам способом. Переместите указатель мыши в нужное место рабочего поля программы и нажмите левую кнопку мыши. Не отпуская ее, переместить указатель мыши в нужном направлении, пока количество колонок и строк не будет нужным (рис. 137). При этом курсор будет помещен в верхнюю левую ячейку. Стиль текста, которым будет набираться текст в таблице, определяется командой Override Style (см. с. 43). При наборе текста в таблице ширина ячеек будет оставаться неизменной, а текст, который не входит, будет переноситься на другую строку. При этом размер ячейки автоматически увеличивается.
Рис. 137. Создание таблицы с помощью инструмента Table Tool 139
При создании таблицы размер квадратных ячеек фиксирован. Можно создать неквадратную таблицу. Для этого нужно активировать инструмент Table Tool, нажать левую кнопку мыши и, не отпуская ее, переместить указатель мыши в нужном направлении, пока не создадите таблицу с нужным количеством строк и столбцов. После этого следует нажать клавишу SHIFT и переместить указатель мыши, пока ширина столбцов не станет нужной. После этого нужно отпустить клавишу SHIFT и левую кнопку мыши (рис. 138).
Рис. 138. Создание таблицы с помощью инструмента Table Tool и совместном использовании клавиши SHIFT Если Вы создали таблицу и потребовалось изменить размер ячеек, то следует активировать инструмент Table Tool, навести указатель мыши на ту границу ячейки, которую Вы хотите переместить. Указа, если нужно переместить вертитель курсора изменит форму на кальную границу или
, если нужно переместить горизонтальную
границу. В результате Вы можете создать таблицу нужной конфигурации. Пример такой таблицы приведен на рисунке 139. №
Соединение
Брутто-формула Молекулярная масса
Рис. 139. Пример таблицы, созданной с помощью инструмента Table Tool
Меню Table Как только Вы активировали инструмент Table Tool, в строке меню появляется новый элемент Table. 140
Меню Table (таблица) содержит команды, позволяющие модифицировать и форматировать созданную таблицу (рис. 140). Вход в меню осуществляется путем наведения указателя мыши на слово Table.
Рис. 140. Меню Table Рассмотрим основные команды данного меню. Чтобы проиллюстрировать действие этих команд, создадим с помощью инструмента Table Tools таблицу (рис. 141).
Рис. 141. Пример таблицы, созданной с помощью команды Table Tools Spilt Cell Horizontal (разделить ячейку по горизонтали) – с помощью этой команды можно разделить ячейку, в которой находится курсор, на две по горизонтали. Если поместить курсор в третью ячейку первой строки таблицы, показанной на рисунке 141, и применить эту команду, то получится таблица, показанная на рисунке 142.
Рис. 142. Пример использования команды Spilt Cell Horizontal
141
Spilt Cell Vertical (разделить ячейку по вертикали) – с помощью этой команды можно разделить ячейку в которой находится курсор, на две по вертикали. Если поместить курсор во вторую ячейку первой строки таблицы, показанной на рисунке 141, и применить эту команду, то получится таблица, показанная на рисунке 143.
Рис. 143. Пример использования команды Spilt Cell Vertical Merge Two Cell Horizontal (объединить ячейки по горизонтали) – это команда, обратная по своему действию команде Spilt Cell Horizontal, позволяет объединить две ячейки в одну. Например, если поместить курсор во вторую ячейку второй строки таблицы, изображенной на рисунке 141, и применить эту команду, то в результате получится таблица представленная на рисунке 144, т.е. происходит объединение ячеек слева направо.
Рис. 144. Пример использования команды Merge Two Cell Horizontal Merge Two Cell Vertical (объединить ячейки по вертикали) – это команда, обратная по своему действию команде Spilt Cell Vertical, позволяет объединить две ячейки в одну. Например, если поместить курсор в первую ячейку первой строки таблицы, изображенной на рисунке 141, и применить эту команду, то в результате получится таблица, представленная на рисунке 145, т.е. происходит объединение ячеек сверху вниз. Insert Row (вставить строку) – это команда позволяет вставить строку ниже той, в которой находится курсор. Если поместить курсор в любую ячейку первой строки таблицы, изображенной на рисунке 141, и применить эту команду, то в результате получится таблица, представленная на рисунке 146. 142
Рис. 145. Пример использования команды Merge Two Cell Vertical
Рис. 146. Пример использования команды Merge Two Cell Vertical Delete Row (удалить строку) – это команда по своему действию является обратной команде Insert Row. Она позволяет удалить ту строку, в которой находится курсор. Если поместить курсор в любую ячейку первой строки таблицы, изображенной на рисунке 146, и применить эту команду, то в результате получится таблица, представленная на рисунке 141. Insert Column (вставить колонку) – это команда позволяет вставить колонку слева от той в которой находится курсор, причем размер этой колонки будет такой же, как и та, в которой находился курсор. Например, если поместить курсор в любую ячейку первой колонки таблицы, изображенной на рисунке 141, и применить эту команду, то в результате получится таблица, представленная на рисунке 147.
Рис. 147. Пример использования команды Insert Column Delete Column (удалить колонку) – это команда по своему действию является обратной команде Insert Column. Она позволяет удалить ту колонку, в которой находится курсор. Если поместить курсор в любую ячейку первой колонки таблицы, изображенной на рисунке 147, и 143
применить эту команду, то в результате получится таблица, представленная на рисунке 141. Format Table (форматировать таблицу). При использовании этой команды появляется диалоговое окно (рис. 148), в котором можно выбрать один из 19 стилей форматирования таблицы (границы, фон ячеек и т.д.). Диалоговое окно состоит из двух частей. Слева приведены возможные стили оформления таблицы, передвигаясь по которым с помощью мыши или клавиш навигации клавиатуры, можно выбрать нужный. Справа наглядный пример таблицы, оформленной выбранным стилем. На рисунке 149 приведен пример использования команды Format Table для форматирования таблицы.
Рис. 148. Диалоговое окно Format Table
abc
abc
abc
abc
abc
abc
abc
abc
abc
Рис. 149. Пример форматирования таблицы с помощью диалога Format Table
144
Проекционные формулы Ньюмана Для создания проекционных формул Ньюмана используют инструмент Newman Projection
из панели инструментов Other Tools
(см. с. 60). Для создания проекций необходимо активировать инструмент Newman Projection любым удобным Вам способом. Переместить указатель мыши в нужное место рабочего поля, нажать левую кнопку мыши. При этом появится проекция Ньюмана и, пока Вы держите левую кнопку мыши, можно вращать центральную часть проекции. Как только Вы отпустите кнопку мыши, проекция примет окончательный вид. Для того чтобы добавить функциональные группы, можно использовать ранее описанные инструменты Lasso (см. с. 106) или Label (см. с. 127) (рис. 150). Вращение осуществляется на угол, кратный 15º. Если при вращении нажать клавишу CTRL и удерживать ее, то вращение осуществляется на угол кратный 1°. а)
CH3
б)
H3C CH3
CH3
Рис. 150. Пример использования инструмента Newman Projection: а) заторможенная конформация бутана; б) заслоненная конформация бутана
Инструмент Bracket Инструмент Bracket
размещается на панели инструментов
Other Tools (см. с. 60) и предназначен для создания квадратных скобок. Часто этот инструмент используется для рисования структур полимеров. Например, на рисунке 151 приведена структура полиорганосилоксана, в изображении которой использованы квадратные скобки. После того, как описанными ранее способами строим структуру остова полимера, активируем инструмент Bracket, перемещаем указатель мыши в нужное место, нажимаем левую кнопку мыши и, удерживая ее, перемещаем указатель мыши, пока рамка не станет необходимого 145
размера. После этого отпускаем кнопку мыши. В углах рамок появятся пунктирные прямоугольники, обозначающие местоположение коэффициентов. Щелкая в нужное место, можно набрать необходимый коэффициент. Если в дальнейшем нужно будет отредактировать эти коэффициенты, то следует вновь активировать инструмент Bracket и, щелкнув в нужном месте, отредактировать коэффициент.
R HO
Si R
R O
Si
R O
R
Si
OH
R n-2
Рис. 151. Структура полиорганосилоксана
Символы Основные символы, доступные для пользователя, размещены на панели инструментов Symbol Tools (символы) (см. с. 62). Все символы на этих панелях условно можно разделить на две группы: символы, обозначающие свойства атома (заряды, радикалы, пары электронов и т.д.), и символы нумерации. Рассмотрим использование данных инструментов. Например, необходимо создать трет-бутил-катион. Для этого описанными ранее способами мы рисуем структуру, изображенную на рисунке 152а. Затем активируем удобным способом, например, инструментом Positive Charge
. Наводим указатель мыши на атом уг-
лерода, у которого должен стоять заряд. Этот атом должен быть помечен черным маркером. После щелкаем левой кнопкой мыши. Заряд примет нужное положение, которое программа выберет автоматически. Можно поступить по-другому. После того, как Вы навели указатель мыши на выбранный атом, нужно нажать левую кнопку мыши и не отпускать ее, пока перемещением мыши не добьемся нужного положения заряда. Только после этого можно отпустить кнопку мыши. Заряд займет нужное положение (рис.152б). Следует обратить внимание, что перемещение заряда осуществляется на угол, кратный 45º. 146
Если при вращении символа нажать клавишу CTRL и удерживать ее, то вращение осуществляется на угол, кратный 1°, и он может бытьперемещен на любое расстояние от исходного атома. а)
CH3 CH3
б)
C
CH3 CH3
CH3
C CH3
Рис. 152. Пример создания трет-бутил-катиона Точно так же можно работать и со всеми другими символами. Рассмотрим, как можно проводить автоматическую нумерацию атомов в молекуле. Любым описанным ранее способом создаем молекулу гексана (рис. 153а). Затем активируем инструмент Atom Tags , наводим указатель мыши на атом углерода, у которого (Numbers) должен стоять номер. Этот атом должен быть помечен черным маркером. После этого щелкаем левой кнопкой мыши. Номер будет поставлен автоматически. Затем перемещаем указатель мыши к другому атому, который должен иметь следующий номер, и вновь щелкаем левой кнопкой мыши и т.д. В результате получится структура, в которой будет проведена нумерация (рис. 153б). Как описано выше, используя удерживание левой кнопки мыши и клавишу CTRL, Вы можете произвольно выбрать местоположение номера. Аналогично создается и другая нумерация, представленная на панели инструментов Symbol Tools. Примеры приведены на рисунке 154. Формат (размер, начертание) номеров и символов можно изменить, используя команду Override Style (см. с. 43) во вкладке Tag.
а)
б)
Рис. 153. Пример нумерации гексана
147
3
1 2
5 4
6
ε 6
а)
N
1' 2'
5 6
4 7
7' 3' 3
4'
6' 5'
2 1
N
3,3'-спироби(3Н-индол)
б)
CH3
δ 5
γ 4
CH CH2
β 3
α 2
CH CH2
1
COOH
CH3
3-метил-5-(1-нафтил)гексановая кислота) или β,δ−диметил-1-нафталенвалериановая кислота
Рис. 154. Пример нумерации в структурах различных соединений
Использование шаблонов При написании химических реакций, создании структур различных химических соединений значительно облегчить работу может использование шаблонов (Template) – заранее подготовленных структур, объектов и т.д. Для использования шаблонов в программе ChemWindow предусмотрено несколько возможностей.
Template Tools В программе ChemWindow имеется стандартная панель инструментов Template Tools (см. с. 62), на которой представлены некоторые наиболее часто используемые инструменты. Количество и ассортимент этих инструментов определяются содержанием файла templates.cwt, доступ к которому указывается в меню File – Preferences (см. с. 36). Этот файл можно модифицировать или вообще указать другой файл. Для того чтобы сделать какие-то изменения в этом файле, нужно его открыть, используя команды File – Open (см. с. 28). Размещение файла templates.cwt указано в меню File – Preferences, но обычно это «C:\Program Files\Bio-Rad Laboratories\ChemWin\Templates\». В открывшемся файле Вы увидите структуры, которые показаны на панели инструментов Template Tools. Вы можете изменить их, добавить новые, удалить ненужные и т.д. Разместить новую структуру можно в любом месте экрана. Программа автоматически определит ее, как 148
только Вы сохраните файл. Например, на рисунке 155 показано окно программы ChemWindow с открытым файлом templates.cwt. В этот файл была добавлена структура нафталина и после его сохранения она появилась на панели инструментов Template Tools. (Сравните с панелью Template Tools, показанной в одноименном разделе; с. 62!).
Рис. 155. Окно программы ChemWindow с открытым файлом templates.cwt
149
Инструмент Hierarchical Template На панели инструментов Standard Tools (см. с. 53) находится инструмент Hierarchical Template
, который активирует набор
стандартных шаблонов. При первом нажатии на эту кнопку происходит загрузка стандартных структур из файлов, которые находятся в папке, путь к которой указан в File – Preferences (см. с. 36). В этой папке находится набор файлов, поставляемый производителями программы ChemWindow: Aromatics.cwt, Bicyclics.cwt, Conformers.cwt, Cycloalkanes.cwt, Polyhedra.cwt и Templates.cwt. После того как файлы шаблонов загружены, структуры, которые в них представлены, можно использовать. Для этого нужно навести указатель мыши на инструмент Hierarchical Template
, нажать левую кнопку мыши и удержи-
вать ее. Появится иерархическое меню, элементами которого будут имена вышеприведенных файлов (рис. 156а). Передвигаясь по нему, можно выбрать нужную структуру. Как только Вы выбрали необходимую структуру, нужно отпустить левую кнопку мыши – меню исчезнет. Переместить указатель мыши в нужное место рабочего поля программы ChemWindow и щелкнуть левой кнопкой мыши. Появится желаемая структура (рис. 156б). Если нажать левую кнопку мыши и, не отпуская ее, переместить указатель мыши в нужном направлении, то можно повернуть структуру так, чтобы она заняла нужное положение. Так же, как и в случае, описанным для файла Templates.cwt, любой из файлов, входящих в структуру иерархическое меню, можно редактировать, дополнять нужными структурами, которых нет в стандартной поставке. Обратите внимание, что элемент меню Templates такой же, как и состав панели инструментов Template Tools. Это связано с тем, что файл Templates.cwt находится в той же папке, что и остальные файлы шаблонов. В таблице 9 приведены структуры, которые находятся в файлах иерархического меню.
150
а)
б)
Рис. 156. Пример использования инструмента Hierarchical Template
151
Таблица 9. Состав файлов шаблонов Имя файла
Состав
Aromatics.cwt
Bicyclics.cwt
152
Продолжение таблицы 9 Имя файла
Состав
Conformers.cwt
Cycloalkanes.cwt
153
Продолжение таблицы 9 Имя файла
Состав
Polyhedra.cwt
154
Продолжение таблицы 9 Имя файла
Состав
Polyhedra.cwt
Можно создать свой собственный шаблон, который будет содержать необходимые объекты для конкретной работы. Для этого, используя команду File – New Document (см. с. 26), создайте новый документ. В данном документе нарисуйте те структуры, которые должны содержаться в Вашем шаблоне в любом порядке. При необходимости сгруппируйте отдельные элементы, чтобы они являлись самостоятельным элементом шаблона. Сохраните созданный файл, используя команду File – Save As (см. с. 31). Для этого в поле «Имя файла» укажите имя вновь созданного файла, в поле «Тип файлов» выбрать «Styles and Templates (*.cwt)» (см. рис. 16, с. 31). Свой файл Вы должны сохранить в ту папку, где лежат файлы шаблонов. Эта папка определяется установками в File – Preferences (см. с. 36). Как только файл будет сохранен, он сразу же появится в иерархическом меню. На рисунке 157 приведен пример файла шаблона my.cwt и соответствующее иерархическое меню. При создании файла шаблонов рекомендуется обязательно включить в него простую связь в виде отдельного объекта. Она необходима в качестве эталона связи для правильного масштабирования сложных структур. В меню она не отображается.
155
Рис. 157. Пример создания пользовательского файла шаблонов
Использование библиотек В программе ChemWindow предусмотрена возможность работы с библиотеками различных графических объектов. Ими могут быть структуры химических соединений и другие графические объекты. Это своеобразные мини-базы данных, которые снабжены элементарными возможностями поиска. В стандартной поставке ChemWindow есть несколько библиотек. Они находятся в папке, указанной в File – Preferences (см. с. 36) (обычно это – «C:\Program Files\Bio-Rad Laboratories\ChemWin\Libraries\»). Имена файлов и их описание представлены в таблице 10. Каждый файл содержит набор графических объектов с их описанием на английском языке.
156
Таблица 10. Состав файлов библиотек Имя файла CESymbol.cwl
LabGlass.cwl
OtherLib.cwl StrucLib.cwl
Описание В состав файла входят графические объекты, предназначенные для построения технологических схем химического производства. Всего 97 записей. Содержит графические объекты разнообразной химической посуды. С их помощью можно собирать различные по сложности химические установки. Всего 139 записей. Формулы органических соединений. Всего 1188 записей. Формулы органических соединений. Всего 2791 запись
Для того чтобы работать с какой-то библиотекой, ее необходимо открыть, используя команду File – Open (см. с. 28). При этом появляется окно с графическими объектами в виде небольших иконок и подстрочного описания к ним (рис. 158). Обратите внимание, что из строки меню исчезли большинство элементов. Доступны только те, которые могут быть использованы. Можно перемещаться по иконкам. Если два раза щелкнуть на изображение, то появится описание картинки. Используя команды редактирования из меню Edit (см. с. 39) или из меню, вызываемом по нажатию правой кнопки мыши, можно скопировать изображение, которое выделено в буфер обмена, а затем поместить его в окно редактирования, попав туда через элемент меню Window. При работе с библиотеками предусмотрены элементарные функции поиска, которые были рассмотрены ранее в соответствующих разделах Find in Library (см. с. 41) и Find Next in Library (см. с. 42). Основным ограничением на активное использование поставляемых библиотек является отсутствие русскоязычного описания к структурным формулам. Наиболее полезны библиотеки, содержащие различные графические элементы для формирования производственных технологических схем и химическая посуда. Так, например, с использованием элементов библиотеки LabGlass.cwl создана химическая установка, представленная на рисунке 159.
157
Рис. 158. Пример библиотеки
Рис. 159. Пример использования библиотеки LabGlass.cwl
158
Использование стилей Как уже отмечалось ранее, в ChemWindow существует понятие стилей. Стиль – это набор параметров форматирования, таких как шрифт, размер шрифта, размер линий и др., которые хранятся вместе под общим именем. Когда применяется стиль, все содержащиеся в этом стиле инструкции форматирования применяются одновременно. В стандартной поставке ChemWindow имеется шесть встроенных стилей: Bold, JOC (Reduce 60%), JOC (Reduce 75%), Reports, Presentations, Small. Для управления стилем служит команда Override Style (см. с. 43) из меню Edit. С ее помощью можно изменить стандартные установки стиля или посмотреть текущие. В разделе Preferences (см. с. 36) в поле Folder For Styles устанавливается путь к папке, в которой размещены файлы стилей, а в поле Default Style File – файл стиля по умолчанию. Обычно это стиль Reports, но можно выбрать любой другой. Во время создания и редактирования химических структур можно выбрать любой тип стиля. Для этого нужно выделить с помощью инструментов Selection или Lasso данный объект (или объекты) и с помощью инструмента Style на панели инструментов Style Bar (см. с. 63) выбрать нужный стиль. На одном рабочем поле могут находиться одновременно объекты, созданные разными стилями. Например, на рисунке 160 дан пример документа, в котором приведены структуры с различными стилями. Использовать различные стили в одном документе следует с осторожностью, так как возможно значительное смещение как самих структур, так и внутри их. Поэтому прежде чем создавать структуру рекомендуется сначала выбрать стиль (если он отличается от установленного по умолчанию). Вы можете создать свой собственный стиль и использовать его при создании собственных структур. Для этого создайте новый документ с помощью команды New Document (см. с. 26). Выберите команду Edit – Override Style (см. с. 43), измените нужные параметры стиля и нажмите кнопку OK. Затем выберите команду Save As (см. с. 31), в появившемся диалоге укажите папку, где будет размещен новый стиль (лучше, если это будет стандартная папка, в которой размещены стили по умолчанию), напишите имя нового стиля. В поле Тип файла укажите «Styles and Templates (*.cwt)». После этого нажмите кнопку «OK». Если это необходимо, Вы можете указать, чтобы этот стиль использовался как основной (см. с. 36). 159
Рис. 160. Пример документа ChemWindow, в котором приведены примеры использования различных стилей Помните! Если Вы измените стиль, но не сохраните его под новым именем, то все изменения будут применены к текущему стилю.
Взаимодействие ChemWindow с другими программами Программа ChemWindow используется для создания химических формул или схем реакций в индивидуальном порядке очень редко. Чаще всего с ней работают в комплексе с другими программами. Это могут быть различные текстовые редакторы, электронные таблицы, системы баз данных, другие программы векторной графики. Одним из наиболее популярных текстовых редакторов является программа Microsoft Word. Поэтому поподробнее рассмотрим взаимодействие именно с этой программой. 160
Перенос информации из ChemWindow в Microsoft Word и обратно Тексты химической тематики часто сопровождаются различными схемами, уравнениями реакций и структурами химических соединений. Простейшим способом переноса объектов, созданных в программе ChemWindow, является использование буфера памяти (Clipboard), который создан для хранения информации и обмена с другими приложениями. Причем этот обмен может осуществляться в обоих направлениях, как из программы ChemWindow в другие приложения, так и обратно из других приложений в программу ChemWindow. Рассмотрим на примере осуществление этого процесса. Предположим, Вы создали структуру химического соединения и подпись к нему с использованием программы ChemWindow (рис. 161) и необходимо ее вставить в текстовый документ Microsoft Word. Для этого, используя инструмент Selection (см. с. 57), выделяют объект (или объекты), которые необходимо перенести в текстовый документ. Если выделенное представляет собой несколько объектов, то их обязательно надо сгруппировать с помощью команды Group (см. с. 69). Это необходимо для того, что иногда при переносе информации между приложениями возможны ошибки, которые сопровождаются изменением взаимного позиционирования между объектами. После этого можно выделенный объект скопировать (или вырезать) с помощью команд редактирования (см. раздел Меню Edit, с. 39) в буфер обмена. Перейти в программу Microsoft Word, поставить курсор в нужное место экрана и, используя команды редактирования, вставить данный объект (рис. 162). В результате получится текст, в котором в нужном месте находится химическая формула. С этим изображением можно работать как с обычным элементом абзаца. Его можно выровнять по центру (как это показано на рис. 162), изменить размер, увеличить (уменьшить) отступ и т.д. При желании можно разместить рисунок таким образом, чтобы он был позади текста или установить обтекание вокруг текста, есть и много других возможностей. Чтобы изменить расположение рисунка относительно текста, нужно навести указатель мыши на рисунок и нажать правую кнопку мыши. В появившемся меню выбрать элемент Формат рисунка и в открывшемся окне выбрать нужные установки.
161
Рис. 161. Пример окна ChemWindow с выделенной структурой Подробное описание возможностей программы Microsoft Word по размещению рисунков следует искать в специализированных руководствах. Когда происходит вставка объекта ChemWindow с помощью команды меню Правка–Вставить или с помощью «горячих» клавиш CTRL– V или Shift–Insert, то он помещается в программу Microsoft Word как объект, поддерживающий механизм OLE*. Это значит, что в случае необходимости вставленный в документ Word объект можно редактировать непосредственно в программе Word. Для этого нужно выделить этот объект, как показано на рисунке 162, и дважды щелкнуть на нем *
Способ обмена и совместного использования данных приложениями посредством вставки объекта, созданного одним приложением, в документ, созданный другим приложением.
162
левой кнопкой мыши. Обратите внимание на строку состояния в программе Microsoft Word, изображенную на рисунке 162: «Дважды щелкните, чтобы Edit ChemWindow Document». Она фактически предлагает редактировать объект ChemWindow, дважды щелкнув по изображению. При этом появляется возможность работать с объектом ChemWindow непосредственно внутри программы Microsoft Word (рис. 163). Система меню становится такой же, как и в программе ChemWindow. Объект, который подвергся редактированию, находится в динамическом окне, которое фактически является окном ChemWindow. Можно осуществить и обратный перенос информации из Microsoft Word в ChemWindow традиционным способом, т.е. с применением команд редактирования из меню Правка (или с использованием «горячих» клавиш).
Рис. 162. Пример документа Microsoft Word со вставленной в него химической структурой
163
Рис. 163. Пример редактирования объекта ChemWindow внутри документа Microsoft Word
Рис. 164. Пример редактирования объекта ChemWindow внутри документа Microsoft Word 164
Как уже отмечалось ранее, при перемещении информации из ChemWindow, она вставляется в виде объекта ChemWindow, поддерживающего механизм OLE. Однако можно эту же информацию переместить и другим способом. Для этого в программе Microsoft Word нужно войти в меню Правка и выбрать команду Специальная вставка. При этом открывается окно (рис. 164), в котором пользователю предоставляется выбор формата переносимой информации. Если выбрать элемент ChemWindow Document (объект), то информация переносится как OLE-объект со всеми вышеописанными свойствами этой информации. Если выбрать элемент Рисунок (метафайл Windows), то информация переносится в виде метафайла и вставляется как графический объект, который затем уже нельзя редактировать средствами ChemWindow.
Перенос информации из ChemWindow в другие приложения Перенос информации в другие приложения возможен несколькими способами. Во-первых, это использование буфера памяти (Clipboard) с помощью команд редактирования. При этом результат зависит от типа программы, в которую происходит перемещение. Например, если перемещать информацию в программу Adobe Photoshop, то происходит вставка в растровом формате. При этом изображение можно редактировать только средствами Adobe Photoshop. Существуют специализированные программные средства, которые так же, как и ChemWindow, работают с химической графикой. Некоторые программы автоматически понимают тип передаваемой информации и позволяют с ней активно работать. В качестве примера таких программ можно назвать KnowItAll (дальнейшее развитие программы ChemWindow), ISIS Draw и др. Во-вторых, это сохранение информации в альтернативных форматах (см. с. 28), чаще всего это MolFile (*.mol), разработанный компанией MDL. Этот формат понимают практически все программы, которые работают с химической информацией. В качестве примера такого способа переноса информации можно привести программу ACD ChemSketch.
165
Другие программы химической графики В настоящее время в мировой индустрии программного обеспечения для химиков разработано достаточное количество программных средств, в которых реализуется функция создания различной химической графики. Однако тенденции современного развития программного обеспечения в этой области таковы, что фирмы-производители нацелены на производство программ, которые сочетают в себе много разнообразных функций (так называемые «Офисы», «Все в одном»). Это редакторы химических структур и схем реакций, генераторы пространственных моделей, модули, позволяющие проводить простейшие квантово-химические расчеты, возможность создания собственных баз данных и осуществлять структурный поиск в коммерческих базах данных (в том числе и через Интернет), различные приложения для спектральных методов анализа и многое другое. Наиболее популярные программные средства представлены в таблице 11. Это программы, разрабатываемые крупными фирмамипроизводителями программного обеспечения в области химии. Часто некоторые фирмы идут на свободное бесплатное распространение этих программ (или отдельных их модулей) среди образовательных учреждений (или делают им значительные скидки). Кроме крупных производителей коммерческого программного обеспечения для химиков, есть ряд энтузиастов, которые рассматривают разработку программ для химиков как некое увлечение и предлагают воспользоваться им любому желающему. В таблице 12 приведен перечень некоммерческих программ химической графики, разработанных некоторыми исследователями или небольшими фирмами. По сравнению с коммерческими продуктами они обладают небольшим перечнем функций, но того инструментария, который предусмотрен в программах, вполне хватает для повседневной работы рядовому химику-пользователю персонального компьютера. Эти программы, как правило, распространяются бесплатно, но по популярности с ранее приведенными, им не сравниться.
166
Таблица 11. Основные программные продукты, реализующие функцию химической графики Название программы
Фирма-производитель
Адрес в сети Интернет
Форма распространения
Последнее обновление
ISIS/Draw 2.5
MDL Informations System, SanLeandro, California, USA
http://www.mdli.com
Июнь 2003
ChemDraw Ultra 9.0 в составе пакета ChemOffice Ultra 2005 KnowItAll 4.1 Academic Edition
CambridgeSoft Corporation, Cambridge, USA Bio-Rad Laboratories Informatics Division, Philadelphia, USA
http://www.camsoft.com
ACD/ChemSketch 5.0
Advanced Chemistry Development Inc, Toronto, Canada ChemInnovation Software Inc., San Diego, USA
http://www.acdlabs.com
Бесплатно для образовательных учреждений и персонального использования Цена для образовательных учреждений $1,390 Бесплатно для образовательных учреждений и персонального использования Бесплатно
ACD/ChemSketch 8.0 Chemistry 4-D Draw 6.0 Pro
http://www.bio-rad.com
Январь 2005
Ноябрь 2004
Ноябрь 2003 Январь 2005
http://www.cheminnovat ion.com
Цена для образовательных учреждений $299
Таблица 12. Некоторые некоммерческие программы химической графики Название программы
Автор или фирмапроизводитель
Адрес в сети Интернет
Форма распространения
Последнее обновление
WinPLT 7.1
Hans J. Reich
http://www.chem.wisc.edu/areas/reich/plt/ winplt.htm или http://www.msn.fullfeed.com/~plt/winplt/ winplt.htm
Бесплатно
ChemPen+
Hilton Evans
http://www.chempensoftware.com/
Shareware
XDrawChem 1.9.1
Bryan Herger
http://www.prism.gatech.edu/~gte067k/xdr awchem/
Бесплатно
Январь 2005
JChemPaint 2.0.8.
JChemPaint Project
http://jchempaint.sourceforge.net/
Бесплатно
Январь 2005
MarvinSketch 3.5.4
ChemAxon Ltd
http://www.chemaxon.com/products.html
Бесплатно
Январь 2005
B. Kosata
http://www.zirael.org/bkchem/
Бесплатно
Ноябрь 2004
2003
$39
BKChem 0.9
168
Фирма Bio-Rad Laboratories – производитель программы ChemWindow, значительно ее переработала и произвела на свет «монстра» – KnowItAll 4.1, который содержит в себе огромное число различных модулей. То, что фирма Bio-Rad Laboratories известна прежде всего как производитель аналитического оборудования (ИК-спектрометры, спектрофотометры и др.) и баз данных спектральной информации, не могло не отразиться на программном обеспечении которое она производит. В новой программе KnowItAll 4.1 (рис. 165) количество функций создания и редактирования химических структур, аналогичных описанным в данной книге, занимают менее 10% от общего количества функций. Кроме них следует отметить модули работы с объемными моделями, несложные квантово-механические расчеты, структурный поиск в локальных базах данных и через Интернет, моделирование и работа со спектроскопическими данными ЯМР, ИК-, Раман-, массспектроскопии и некоторые другие. Программа имеет даже встроенный Интернет-навигатор, которой автоматически выходит на сайт компании и позволяет работать с ресурсами представленными на нем.
Рис. 165. Окно программы KnowItAll 4.1
169
МАРКИН ВАДИМ ИВАНОВИЧ ПРАКТИЧЕСКОЕ РУКОВОДСТВО ПО ИСПОЛЬЗОВАНИЮ CHEMWINDOW (ВЕРСИЯ 6.0) Учебное пособие
Литературный редактор: Н.Я. Тырышкина
Издательство Алтайского 656049, Барнаул, пр. Ленина, 61 Изд. лиц. ЛР 020261
государственного
университета,
Подписано в печать 02.06.2005. Формат 60 × 84/16. Бумага типографская. Печать офсетная. Усл. печ. л. 10,0. Тираж 100 экз. Заказ Цена свободная Типография Алтайского государственного университета: 656049, г. Барнаул, ул. Димитрова, 66
